조세특례제한법 시행령 (대통령령 제35609호, 2025. 6. 30.)
■ 개정 이유
국가전략기술연구개발시설 및 신성장연구개발시설에 투자하는 경우에도 국가전략기술 사업화시설 및 신성장사업화시설과 동일하게 통합투자세액공제를 받을 수 있도록 하고, 이스포츠 진흥을 위해 이스포츠 대회 운영비용에 대한 세액공제를 신설하는 등의 내용 으로 「조세특례제한법」이 개정된 것에 맞추어, 국가전략기술연구개발시설 및 신성장연구 개발시설의 범위 등을 정하고, 세액공제를 받을 수 있는 이스포츠 대회 운영비용의 구체적 인 범위 등을 정하는 등 법률에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하려는 것임.
소득세법 시행령 (대통령령 제35608호, 2025. 6. 30.)
■ 개정이유 및 주요 내용
저축성보험의 보험차익 비과세 요건을 합리화하기 위해 보장성보험계약의 보험금 일부를 감액하여 그 감액분을 연금형태로 분할하여 지급받는 경우 이를 저축성보험계약으로 변경 하는 것으로 보되, 보험금이 9억 원 이하인 월적립식 보장성보험계약으로서 보험계약자가 보험료 납입 완료 후 55세 이후에 지급받는 보험계약의 경우에는 그 보장성보험계약의 최초 납입일을 계약변경에 따른 저축성보험계약의 최초납입일로 보아 그 저축성보험계약의 비과세 요건을 판단하도록 하고, 배당소득에 대해 과세되는 비금전신탁 수익증권의 유형에 「자본 시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자가 하나의 자산을 신탁받아 「자산유동 화에 관한 법률」에 따라 발행한 수익증권을 포함하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
개별소비세법 시행령 (대통령령 제 35612호, 2025. 6. 30.)
■ 개정이유 및 주요 내용
국민의 유류비 부담을 완화하기 위해 석유가스 중 부탄에 대한 개별소비세의 한시적 탄력 세율 인하 조치 기한을 ‘2025년 6월 30일까지’에서 ‘2025년 8월 31일까지’로 2개월 연장하고, 발전원가 부담을 완화하기 위해 발전용 천연가스에 대한 개별소비세의 한시적 탄력세율 인하 조치 기한을 ‘2025년 6월 30일까지’에서 ‘2025년 12월 31일까지’로 6개월 연장하며, 자동차 판매 확대 등 내수 진작을 통한 경기 활성화를 위해 자동차에 대한 개별소비세율을 5퍼센트 에서 3.5퍼센트로 인하하는 조치의 유효기간을 ‘2025년 6월 30일 까지’에서 ‘2025년 12월 31일 까지’로 6개월 연장하려는 것임.
교통ㆍ에너지ㆍ환경세법 시행령 (대통령령 제35613호, 2025. 6. 30.)
■ 개정이유 및 주요 내용
국민의 유류비 부담을 완화하기 위해 휘발유ㆍ경유 및 이와 유사한 대체유류에 대한 교통ㆍ에너지ㆍ환경세의 한시적 탄력세율 인하 조치 기한을 ‘2025년 6월 30일까지’에서 ‘2025년 8월 31일까지’로 2개월 연장하려는 것임.
자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행령 (대통령령 제35611호, 2025. 6. 30.)
■ 개정이유 및 주요 내용
필리핀공화국을 원산지로 하는 수입물품 중 「대한민국 정부와 필리핀공화국 정부 간의 자유무역협정」에 따라 협정관세율이 적용되도록 양허된 물품과 양허되지 않은 물품을 구분 하여 명시하려는 것임.
관세법 제71조에 따른 할당관세의 적용에 관한 규정(대통령령 제35614호, 2025. 6. 30.)
■ 개정이유 및 주요 내용
「관세법」 제71조 제1항에 따르면 원활한 물자수급이나 산업의 경쟁력 강화를 위해 수입을 촉진시킬 필요가 있거나 수입가격이 급등한 물품 등의 국내가격 안정을 위해 필요한 경우 에는 일정한 수량에 한정해서 기본세율보다 인하된 관세율을 적용하는 할당관세를 부과할 수 있는 바, 서민 생활물가를 안정시키기 위해 냉동고등어에 대해 2025년 7월 1일부터 2025년 12월 31일까지 0퍼센트의 할당관세를 적용하고, 액화석유가스 제조용 원유 등 6개 품목에 대한 할당관세 적용기간을 ‘2025년 6월 30일까지’에서 ‘2025년 12월 31일까지’로 연장하며, 2025년 5월 1일부터 2025년 12월 31일까지 0퍼센트의 할당관세를 적용하는 계란가공품의 한계수량을 10,000톤으로 확대하는 등 할당관세의 적용 물품 및 세율 등을 조정하려는 것임.
조세특례제한법 시행규칙 (기획재정부령 제1134호, 2025. 6. 30.)
■ 개정이유 및 주요 내용
국가전략기술연구개발시설 또는 신성장연구개발시설 중 다른 기술의 연구개발에도 사용 되는 시설에 대하여 세액공제를 적용받으려는 자는 해당 시설의 연구개발업무 사용시간을 측정하여 작성ㆍ보관하도록 하고, 세액공제를 받을 수 있는 이스포츠 대회 운영비용을 규정 하는 등의 내용으로 「조세특례제한법 시행령」이 개정(대통령령 제35609호, 2025. 6. 30. 공포ㆍ 시행)됨에 따라, 국가전략기술연구개발시설 또는 신성장연구개발시설의 투자완료일부터 3개 과세연도 동안 해당 시설을 연구개발업무에 사용한 시간을 측정ㆍ기록하여 그 측정 기간 종료일부터 5년 동안 보관하도록 하고, 세액공제를 받을 수 있는 이스포츠 대회 운영 비용 으로 선수 및 운영업무 전담인력에 대한 이동경비, 현지숙식비, 숙소ㆍ이동차량에 대한 임차료, 심판에게 지급하는 수당 등을 정하는 등 법령에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하려는 것임.
소득세법 시행규칙 (기획재정부령 제1132호, 2025. 6. 30.)
■ 개정이유 및 주요 내용
저축성보험의 보험차익 비과세 요건을 합리화하기 위해 보장성보험계약의 보험금 일부를 감액하여 그 감액분을 연금형태로 분할하여 지급받는 경우 보장성보험계약을 저축성보험 계약으로 변경하는 것으로 보도록 하는 등의 내용으로 「소득세법 시행령」이 개정(대통령령 제 35608호, 2025. 6. 30. 공포, 7. 1. 시행)됨에 따라, 보장성보험계약을 저축성보험계약으로 변경하는 경우 비과세요건 판단을 위한 보험료 합계액의 계산방식을 정하는 한편, 기부금영수증 서식 의 작성방법란을 정비하는 등 현행 서식의 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
법인세법 시행규칙 (기획재정부령 제1133호, 2025. 7. 4.)
■ 개정이유 및 주요 내용
내국법인이 개최하는 이스포츠대회의 운영비용 일부를 2026년 12월 31일까지 법인세에서 공제하도록 하는 등의 내용으로 「조세특례제한법」 및 같은 법 시행령이 개정된 것에 맞추어, 관련 서식에 이스포츠대회 운영비용에 대한 과세특례 항목 등을 추가하는 한편, 청산소득에 대한 법인세과세표준 및 세액신고서의 첨부서류란을 정비하는 등 현행 서식의 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.
상속세 및 증여세법 시행규칙(기획재정부령 제1135호, 2025. 7. 4.)
■ 개정이유 및 주요 내용
투자조합이 주식, 출자지분, 공채, 사채, 채권, 집합투자증권 및 특정시설물을 이용할 수 있는 권리 등을 취득하여 보유하거나 거래한 경우 해당 권리 등의 보유ㆍ거래내역, 조합원의 인적사항 및 출자지분 내역 등이 포함된 명세서를 관할 세무서장에게 제출하도록 하는 등의 내용으로 「상속세 및 증여세법」 및 같은 법 시행령이 개정된 것에 맞추어, 투자조합의 권리 등 보유ㆍ거래내역 및 조합원에 관한 명세서 서식을 신설하는 등 법령에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하려는 것임.
부가가치세법 시행규칙 (기획재정부령 제1136호, 2025. 7. 4.)
■ 개정이유 및 주요 내용
조세회피를 방지하기 위해 납세지 관할 세무서장 등이 사업자에게 부가가치세를 수시로 부과할 수 있도록 하는 등의 내용으로 「부가가치세법」 및 같은 법 시행령이 개정된 것에 맞추어, 일반과세자 부가가치세 신고서 등의 서식에 수시부과세액 기재란을 추가하는 한편, 의제매입세액 공제신고서의 작성방법란을 정비하는 등 현행 서식의 일부 미비점을 개선ㆍ 보완하려는 것임.
3. 최신 예규 · 판례
균등유상감자의 가업상속공제 추징사유 해당 여부 (조심2023서10708, 2025. 5. 21.)
■ 쟁점사항
상증세법은 피상속인이 10년 이상 계속하여 경영한 가업을 상속하는 경우 가업 영위기간에 따라 일정 금액을 상속세 과세가액에서 공제하도록 규정하면서(상증법 §18의 2 ①), 상속개시 일부터 5년 이내에 정당한 사유없이 상속인의 지분이 감소한 경우를 가업상속공제 추징사유로 규정하고 있는 바(상증법 §18의 2 ⑤ 3호) 이번 심판례의 쟁점은 상속인의 지분이 가업 법인의 균등유상감자로 인해 감소한 경우에도 가업상속공제의 추징사유에 해당하는지 여부임.
■ 결정요지
이에 대해 이번 심판례는 가업상속공제 규정에서 상속인의 지분이 감소한 경우를 추징사유로 규정하면서 균등무상감자를 추징사유에서 제외하고 있는 바(상증령 §15 ⑧ 3호 바목, 2019. 2. 12. 신설, ‘쟁점 시행령’), 이는 균등무상감자의 경우에는 주로 자본잠식 등 회계상 손실 해소를 위한 부득이한 사유로 출자금의 회수 없이 이루어진다는 점을 고려하여 추징의 예외사유로 규정하고 있는 반면, 균등유상감자는 쟁점 시행령에서 추징의 예외사유로 규정하고 있지 않고, 균등유상감자로 인해 가업의 규모와 자본금이 축소됨에 따라 가업상속공제 제도의 입법취지인 중소기업의 영속성이 유지되지 못한다는 점 등을 고려하여 기존 유권해석(기획 재정부 재산세제과-1575, 2022. 12. 23.)과 동일하게 균등유상감자는 가업상속공제의 추징사유에 해당한다고 판단함.
■ 시사점
쟁점 시행령이 신설되기 전에는 균등유상감자가 가업상속공제 추징사유인 지분 감소에 해당하지 않는다는 것이 심판원의 입장이었으나(조심2017부5161, 2018. 3. 26.), 이번 심판례는 균등무상감자를 추징 예외사유로 규정한 쟁점 시행령의 신설 이후에는 선행 심판례와 달리 균등유상감자를 가업상속공제의 추징사유로 판단하고 있으므로, 가업상속공제를 적용한 상속인은 가업 법인의 균등유상감자로 인해 지분이 감소한 경우 상속세가 추징될 수 있다는 점을 유의할 필요가 있으며, 또한 증여받은 가업 주식에 대한 증여세 저율과세 등을 규정하고 있는 가업승계 증여세 과세특례 규정(조특법 §30의 6)에서는 주식등을 증여받은 날 이후 5년 이내에 정당한 사유없이 증여받은 주식등의 지분이 줄어드는 경우를 추징사유로 규정하면서 가업상속공제 규정과 달리 균등무상감자를 추징의 예외사유로 명시하고 있지 아니하나, 유권해석은 가업상속공제와 마찬가지로 균등유상감자를 증여세 추징사유로 해석하고 있음을 참고할 필요가 있음(서면-2023-상속증여-0073, 2023. 7. 6. 외)
합병으로 인해 벤처기업에서 제외된 후 행사하는 주식매수선택권의 과세특례 적용 여부 (서면-2024-원천-2706, 2025. 2. 24.)
■ 쟁점사항
현행 조특법은 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권의 행사이익에 대해 연간 2억 원 까지 소득세를 비과세하고(조특법 §16의 2, ‘비과세 특례’), 해당 비과세 한도를 초과하는 주식매수선택권 행사이익은 5년간 분할 납부하거나(조특법 §16의 3, ‘분할납부 특례’) 또는 주식매수선택권을 행사하는 시점에 소득세를 과세하지 않고 주식매수선택권을 행사하여 취득한 주식을 양도하는 시점에 양도소득세로 과세(조특법 §16의 4, ‘양도소득 과세특례’)하는 과세특례를 규정하고 있는 바, 이번 유권해석의 쟁점은 벤처기업의 임직원이 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여받은 후 주식매수선택권을 부여한 법인이 합병으로 인해 벤처기업에서 제외된 경우에도 이러한 비과세 특례ㆍ분할납부 특례ㆍ양도소득 과세특례(이하 ‘쟁점 특례’)를 적용받을 수 있는지 여부임.
■ 회신요지
이에 대해 이번 유권해석은 벤처기업 임직원이 벤처기업으로부터 주식매수선택권을 부여 받았으나, 합병을 이유로 주식매수선택권을 부여한 해당 법인이 더 이상 벤처기업에 해당하지 않게 되었더라도, 쟁점 특례의 적용이 가능한 것으로 회신하고 있으며, 이는 쟁점 특례의 적용 여부를 판단함에 있어 벤처기업의 해당 여부는 주식매수선택권 행사시점이 아닌 부여시점을 기준으로 판정해야 함을 의미하고 있음.
■ 시사점
참고로, 2022년 말 조특법 개정시 주식매수선택권을 부여한 기업이 그 행사 시점에 벤처기업 에서 제외되더라도 과세특례를 적용할 수 있다는 규정을 양도소득 과세특례 규정에만 명문화하고 비과세ㆍ분할납부 특례규정에서는 이를 명시하지 않음에 따라(조특법 §16의 4 ⑨, 2022. 12. 31. 신설), 벤처기업 당시 부여받은 주식매수선택권을 벤처기업에서 제외된 후 행사 하는 경우에는 양도소득 과세특례만을 적용하고 비과세ㆍ분할납부 과세특례의 적용은 제외되는지 다소 논란이 될 수 있었으나, 이번 유권해석은 해당 규정의 신설 여부에 관계없이 주식매수선택권 부여시점을 기준으로 쟁점 특례의 적용 여부를 판단해야 한다는 취지의 해석으로 이해되므로, 벤처기업으로부터 부여받은 주식매수선택권임에도 불구하고 그 행사 시점에 벤처기업이 아니라는 이유로 쟁점 특례의 적용을 누락하지 않도록 주의해야 할 것 으로 판단됨.
건축허가 부지 내 임시 주차장용 토지의 재산세 과세대상 구분 (부동산세제과-1445, 2025. 5. 15.)
■ 쟁점사항
현행 지방세법은 토지에 대한 재산세 과세대상을 종합합산ㆍ별도합산ㆍ분리과세대상으로 구분하면서 공장용 건축물의 부속토지 등을 별도합산과세 대상으로 규정하고 있고(지법 §106 ①), 이 때 건축물의 범위에는 건축법에 따른 건축허가를 받거나 건축신고를 한 건축물로서 공사계획을 신고하고 공사에 착수한 건축물로 규정하여 ‘건축 중인 건축물’을 건축물의 범위에 포함하고 있는 바(지령 §101 ① 및 §103 ① 3호, 이하 ‘쟁점규정’), 이번 유권해석의 쟁점은 광역복합환승센터 건설을 위해 기존 주차장을 철거하고 임시 주차장을 조성하여 사용하는 토지(이하 ‘쟁점토지’)를 ‘건축 중인 건축물’의 부속토지로 보아 재산세 별도합산과세 대상으로 구분하여 과세할 수 있는지 여부임.
■ 회신요지
이에 대해 이번 유권해석은 토지분 재산세는 종합합산과세가 원칙이나, 경제활동과 토지의 적정 보유규모 및 정책적 필요성에 따라 일정 요건을 갖춘 토지에 대해 예외적으로 별도합산과세 또는 분리과세로 구분하여 재산세를 과세하는 것이고(2010헌바405, 2012. 4. 24.), 쟁점규정은 건축물의 조속한 이용과 착공을 유도하기 위해 해당 토지를 예외적으로 별도합산과세 대상으로 구분하기 위한 것이므로, 터파기 공사 등 실제 건축이 진행되지 않고 임시주차장을 조성하여 사용하고 있는 쟁점토지는 건축물 신축 공사를 위한 단순한 준비행위에 불과하고 건축물이 아닌 다른 용도로 이용되는 토지이므로 별도합산과세 대상으로 구분하여 재산세를 과세할 수 없다는 취지로 회신하고 있음.
■ 시사점
이번 유권해석은 건축물 건설을 위해 기존 주차장을 철거하고 임시 주차장으로 사용하는 토지는 별도합산과세 대상이 아닌 종합합산과세 대상 토지로 보아 재산세 세부담이 증가할 수 있음을 의미하며, 또한 현행 지방세법은 건축물 철거ㆍ멸실일로부터 6개월이 지나지 않은 해당 건축물의 부속토지에 대해서는 별도합산과세 대상으로 구분하도록 규정하고 있으나 (지법 §106 ① 2호 다목 및 지령 §103의 2 1호), 해당 기간 중에 건축물이 멸실된 토지를 주차장으로 사용할 경우에는 건축물 철거ㆍ멸실을 통한 공사과정에서 수반되는 일시적인 나대지 상태의 토지가 아니라 주차장이라는 다른 용도로 사용하는 토지에 해당하므로, 별도합산과세 대상이 아닌 종합합산과세 대상 토지로 보아 재산세 세부담이 증가할 수 있다는 점도 이번 유권해석과 함께 참고할 필요가 있음(부동산세제과-515, 2024. 2. 5.).