(1) 정규증빙 수취대상 계정과목에 대한 원가계상 적정 여부
• 대차대조표, 손익계산서, 부속명세서의 계정과목 중 정규증빙 수취대상인 임차료, 수수료, 외주비 등에 대해 정규증빙 없이 과다하게 계상한 경우, 관련 비용에 대하여 손금 부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법§19 【손금의 범위】
(2) 법인의 업무목적 이외 신용카드 등 사용 여부
• 법인신용카드ㆍ직불카드 등 사용 자료 중 피부미용실, 성형외과, 해외여행, 입시학원 등 업무와 관련 없는 경비를 복리후생비, 수수료 계정 등으로 회계처리한 비용이 있는 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법§19 【손금의 범위】
(3) 상품권 과다 매입 후 법인의 업무목적 이외의 사용 여부
• 법인카드 등으로 상품권을 구입하여 업무목적 이외에 사용하고, 복리후생비, 수수료 계정 등으로 회계처리한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
- 상품권을 접대의 목적으로 사용한 경우에는 기업업무추진비로 계상하고 한도액 시부인 계산하여 한도초과액은 손금불산입 기타사외유출 처분
* 법인세법§19 【손금의 범위】, 법인세법§25 【기업업무추진비의 손금불산입】
(4) 실제 근무하지 않는 대표이사ㆍ주주의 가족에 대한 인건비 계상 여부
• 실제로 근로를 제공하지 않는 대표이사ㆍ주주 등의 가족 등에게 지급한 것으로 처리한 인건비는 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법§19 【손금의 범위】
(5) 자료상 등 불성실 납세자와의 거래 적정 여부
• 실물 거래 없이 자료상, 세금계산서 발급위반자, 폐업자로부터 세금계산서 등을 수취하여 원가 등에 계상한 경우 관련 비용은 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법§19 【손금의 범위】
(6) 보유 중인 주택을 특수관계인이 사용하도록 하게 한 경우
• 법인이 취득ㆍ임차한 주택을 특수관계인(비출자임원 및 소액주주임원, 직원은 제외)과 그 친족 등에게 무상 또는 시가에 미달하는 임대료를 받고 사용하게 한 경우 부당행위 계산부인 규정의 적용 여부 검토
• 업무목적과 관련 없이 주택을 보유하여 업무무관자산에 해당하는 경우 관련 유지관리비는 손금에 산입할 수 없음
* 법인세법§52 【부당행위 계산의 부인】, 법인세법§27 【업무와 관련 없는 비용의 손금불산입】
(7) 업무 목적 이외 사용한 경비를 사업소득 지급 등으로 처리 여부
• 기업자금을 업무 목적 이외의 용도로 유출하고 지급수수료 등으로 계상한 후 실제 용역을 제공하지 않은 친족 등에게 사업소득을 지급한 것으로 처리하여 사업소득지급명세서를 제출한 경우 손금부인 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법§19 【손금의 범위】
(8) 보유 중인 고가의 회원권, 레저용 선박을 사주일가가 사적으로 사용한 경우 업무무관자산 유지관리비의 손금 계상 여부
• 법인이 보유 중인 고가의 종합체육시설이용권 또는 레저용 선박을 사적으로 사용한 경우 관련 비용은 손금불산입
* 법인세법§19 【손금의 범위】, 법인세법§27 【업무와 관련없는 비용의 손금불산입】
조세특례제한법상 공제ㆍ감면세액
(1) 중소기업 요건 중 실질적 독립성 미충족
• (자산총액 5천억원 이상 법인의 자법인) 직전사업연도 자산총액 5천억원 이상인 법인이 주식 등을 30% 보유하고 최다출자자인 법인으로 실질적 독립성 요건을 갖추지 못하였음에도 중소기업 관련 공제ㆍ감면을 적용
- (사례) ’24사업연도 자산총액 6,500억원 A법인이 40%를 소유한 B법인이 ’25사업연도에 중소기업특별세액감면을 적용
* 조세특례제한법 시행령§2 【중소기업의 범위】
(2) 중복지원 배제대상 공제ㆍ감면 중복 적용
① (세액감면과 세액공제 중복적용) 동일 사업연도에 중복지원을 받을 수 없는 공제감면을 동시에 적용
- (사례) 통합투자세액공제와 중소기업특별세액감면 동시에 적용
* 조세특례제한법§127 【중복지원의 배제】
② (동일 사업장 세액감면 중복적용) 동일 사업장에 중복지원이 안되는 세액감면을 적용
- (사례) 중소기업특별세액감면과 수도권 밖 본사이전 감면을 동시에 적용
* 조세특례제한법§127 【중복지원의 배제】
③ (당기순이익 과세법인의 공제ㆍ감면 적용) 당기순이익에 9%(12%)의 세율을 적용하여 법인세를 신고하는 신용협동조합 등 조합법인이 공제받을 수 없는 공제ㆍ감면을 적용
- (사례) 산립조합에서 통합투자세액공제를 적용
* 조세특례제한법§72 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】
(3) 중소기업특별세액감면 적용 오류
① (감면소득 과다 계산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 감면소득에 포함하여 법인세 감면을 과다하게 적용
- (사례) 유형자산처분이익 3,150만원을 감면소득에 포함하여 감면 적용
② (감면사업 결손금을 감면소득에 미합산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 제외한 감면소득에 감면사업의 결손금을 합산하지 않아 감면소득을 과다하게 계산
- (사례) 제조업ㆍ건설업 겸영 법인이 건설업 관련 결손을 감면소득에 합산하지 않아 감면소득을 과다하게 계산
③ (감면업종 착오) 감면 업종을 영위하지 않으나 세액감면을 적용
- (사례) 음식점업을 영위하는 중소법인이 중소기업특별세액감면 신청
④ (감면 한도 초과) 감면세액이 1억원을 초과하거나, 직전연도 대비 고용이 감소하였으나 감면한도를 계산하지 않고 과다 적용
- (사례) ’24년 대비 ’25년 2명 감소로 한도액을 감액 계산(1억원 – 500만원 × 2명)하지 않고 감면 신청
* 조세특례제한법§7 【중소기업에 대한 특별세액감면】, 기본통칙6-0…2 【감면대상소득의 범위】
(4) 창업중소기업 등에 대한 세액감면 적용 오류
① (수도권과밀억제권역 기업 감면 착오 적용) 수도권 과밀억제권역 내 창업하였으나, 감면을 적용(’18.5.29.이후 생계형창업이나 청년 창업인 경우 제외)
- (사례) ’25년 10월 서울특별시에 일반 창업하였으나 감면 적용
② (창업 미해당) 법인전환, 폐업 후 재개업, 분할로 사업승계 등 창업에 해당하지 않으나 감면을 신청
- (사례) 폐업 전의 사업과 같은 종류의 사업(제조업/의류)을 폐업 후(’25.5월) 사업을 다시 개시(’25.7월)하면서 창업 감면 신청
③ (감면 업종 착오) 감면 업종을 영위하지 않으나 세액감면을 적용
- (사례) 도소매업을 영위하는 중소법인이 창업중소기업 감면 신청
④ (감면소득 과다 계산) 감면사업과 관련 없는 이자수익, 자산처분익 등을 감면소득에 포함하여 법인세 감면을 과다하게 적용
- (사례) 감면소득에 이자수익 500만원, 보험차익 2,600만원을 포함하여 감면 적용
⑤ (감면기간 초과 적용) 최초로 소득금액이 발생한 사업연도를 포함하여 6년차(5년을 경과)에 감면을 신청하거나, 과거 6년 전에 이미 감면을 적용받은 이력이 있는 경우 등 감면기간을 초과하여 적용
- (사례) ’19사업연도에 창업 후 ’20사업연도부터 최소 소득이 발생하여 ’24사업연도까지 감면대상기간이나 ’25사업연도를 감면 신청
⑥ (청년창업감면법인 중 대표자 변경) 감면 신청법인 중 창업 이후 당초 청년이었던 대표자를 다른 대표자로 변경한 후 감면을 계속 적용
- (사례) 서울에 창업 후 청년 대표자 갑(甲)을 청년을(乙)로 변경 후에도 감면 신청
⑦ (감면 미해당 업종으로 변경 또는 추가) 감면 신청법인 중 감면업종이 아닌 업종으로 변경한 경우 등에도 감면을 계속 적용
- (사례) 창업 당시 제조업을 영위하다가 부동산임대업으로 업종 전환한 중소 법인이 창업중소기업 세액감면을 계속 적용
* 조세특례제한법§6, 조세특례제한법 시행령 §5 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】, 기본통칙6-0 …2 【감면대상소득의 범위】
(5) 연구 및 인력개발비 세액공제 적용 오류
① (연구소ㆍ전담부서 인정 취소된 법인의 세액공제) 휴ㆍ폐업 등*으로 연구소 및 연구 전담부서의 인정이 취소되었으나, 인정취소일 이후 발생한 비용에 대해 세액공제를 계속 적용
* 자진 인정취소 요청, 기업 폐업, 연구소 및 전담부서 폐쇄, 변경신고 미이행(사유발생일로부터 1년 이내), 연구활동 없는 것으로 과기부장관 인정, 타 법률에 따라 연구개발활동 제한되어 인정취소된 경우
- (사례) ’25.4월 인정취소 되었으나 ’25사업연도 발생한 연구개발비 전액을 세액공제 적용
② (지분10%초과ㆍ지배주주인 임원에게 지급한 인건비 공제) 법인 총발행주식의 10% 초과 보유한 주주이거나 지배주주인 임원에게 지급한 인건비에 대해 세액공제를 적용
- (사례) 연구업무에 종사하고 있으나 21.5%의 지분을 보유하고 있는 지배주주인 임원 갑에게 지급한 인건비에 대해 세액공제 적용
③ (겸직 연구원에게 지급한 인건비 공제) 연구소 및 연구전담부서에 근무하고 있으나 행정사무 등 다른 업무를 겸직하는 직원에게 지급한 인건비에 대해 세액공제를 적용
- (사례) 행정업무를 겸직하고 있는 연구소장에게 지급한 인건비에 대해 세액공제 적용
④ (연구소 인정이 직권 취소) 연구소 요건미비 등*으로 연구소 및 연구전담부서의 인정이 직권취소 되었으나, 인정취소일이 속하는 과세연도에 발생한 비용에 대해 세액공제를 적용
* 전담부서 등이 인정기준에 미달하거나 준수사항을 위반하여 인정취소된 경우
- (사례) ’25.12.10. 직권취소되었으나 ’25.1.1.부터 직권취소일까지 발생한 연구비에 대해 세액공제 적용
⑤ (증가분 방식 적용 오류) 직전 4년간 R&D비용이 발생하지 않아 당기분 방식에 따른 세액공제 적용 대상에 해당하나, 증가분 방식에 따라 세액공제를 적용
- (사례) ’23년 개업한 법인으로 ’24년까지 연구인력비가 발생하지 않았으나 ’25년에 증가분 방식으로 세액공제 적용
⑥ (사업운영 시스템 개발을 위한 위탁비용을 공제) 판매시점 정보관리 시스템, 전사적 기업자원 관리설비(ERP) 등 사업운영 시스템에 대한 위탁개발비용을 세액공제 적용
- (사례) 제조관리시스템 구입비에 대해 세액공제 적용
* 조세특례제한법§10, 조세특례제한법 시행령§9 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】, 별표6
(6) 근로소득증대 세액공제 적용 오류
• (고용유지 조건 미충족) 근로소득증대세액공제 당기발생액이 있는 법인 중 당해 대비 직전사업연도 고용이 감소하였음에도 세액공제를 적용
- (사례) ’24년 상시근로자 수가 88.3명이고 ’25년 상시근로자 수가 85.2명이나 세액공제 신청
* 조세특례제한법§29의4 【근로소득을 증대시킨 기업에 대한 세액공제】
(7) 본사 등 지방이전 감면 적용 오류
• (본사가 수도권인 기업 감면 착오 적용) 본사 지방이전 감면을 적용받은 법인 중 본사가 수도권(서울, 경기, 인천)에 소재함에도 감면을 적용
- (사례) ’22년 식료품 도소매 영위 법인(중소기업 아님)이 본사를 서울에서 경기도 평택으로 이전하였으나 ’22,’23년 본사이전 감면 신청
* 조세특례제한법§63의2 【수도권 밖으로 본사를 이전하는 법인에 대한 세액감면 등】
(8) 농업회사법인 감면 적용 오류
① (감면기간 초과 적용) 작물재배업 외의 소득 감면을 받은 법인 중 과거 5년 전에 작물재배업 외의 소득으로 감면받은 이력이 있는 경우 등 감면기간(5년)을 초과하여 적용
- (사례) ’19년에 설립된 법인이 ’20년부터 최초로 작물재배업 외 소득이 발생하여 ’24사업연도까지 감면대상기간이나 ’25사업연도를 감면 신청
② (감면율 착오 적용) 감면율 50%(최저한세 적용) 적용대상인 작물재배업 외의 소득에 대해 감면율 100%(최저한세 적용 제외)를 적용
- (사례) 농산물 가공을 통해 발생한 소득에 대해 감면율 100%를 적용
③ (보조금을 감면소득에 포함) 보조금 수취 법인으로 감면소득에서 보조금을 제외하지 않고 감면 적용
- (사례) 생산시설 현대화 보조금을 감면소득에 포함하여 감면 신청
④ (유형자산처분이익을 감면소득에 포함) 유형자산처분이익을 계상한 법인으로 감면소득에 유형자산처분이익 포함하여 감면 적용
- (사례) 유형자산처분이익 720만원을 감면소득에 포함하여 감면 신청
* 조세특례제한법§68 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】
(9) 농어업경영체 미등록 법인의 세액감면 오류
• (농어업경영체 미등록 법인 배제) 영농ㆍ영어ㆍ농업회사법인에 대한 법인세 면제 적용 대상은 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농ㆍ영어조합법인, 농업회사 법인이었으나, 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따라 농어업경영정보를 등록한 영농ㆍ영어조합법인, 농업회사법인으로 등록 요건을 규정하여 미등록 법인은 감면 대상에 해당하지 않음
* 조세특례제한법§66~68 【영농ㆍ영어조합법인, 농업회사법인에 대한 법인세의 면제 등】
외국납부세액공제
(1) 외국납부세액공제 한도 초과액에 대한 공제 부인
• 과세표준을 계산할 때 손금에 산입된 금액으로서 국외원천소득에 직접 또는 간접으로 대응하는 금액을 국외원천소득에서 차감하지 않고 한도를 계산한 경우 재계산하여 외국납부세액공제 적용 부인
• 국외원천소득 중 조세특례제한법이나 그 밖의 법률에 따라 면제되거나 세액 감면을 적용받은 비율을 차감하지 않은 경우 외국납부세액 공제한도 재계산하여 공제 과다금액 부인
* 법인세법§57 【외국 납부 세액공제 등】, 법인세법 시행령§94 【외국납부세액의 공제】
(2) 외국납부세액공제 적용 배제 대상
• 외국에서 납부한 세액이 초과이윤세, 기타 법인의 소득 등을 과세표준으로 하여 과세된 세액 등이 아닌 관세, 부가가치세, 영업세(중국) 등인 경우는 외국납부세액공제 대상에서 제외
- 또한, 국제조세조정에 관한 법률 제12조 제1항에 따라 내국법인의 소득이 감액 조정된 금액 중 국외특수관계인에게 반환되지 아니하고 내국법인에게 유보되는 금액에 대하여 외국정부가 과세한 금액도 공제대상에서 제외
* 법인세법§57 【외국 납부 세액공제 등】, 법인세법 시행령§94 【외국납부세액의 공제】
(3) 외국납부세액공제 한도 계산방식
• ’15.1.1. 이후 개시하는 사업연도부터 국가별 한도방식만 허용되며 시행령 개정전 발생한 한도초과액(이월공제액)은 국가별 외국납부세액 또는 국외원천 소득에 따라 국가별로 안분한 후 국가별 한도방식에 따라 공제
* 법인세법§57 【외국 납부 세액공제 등】, 법인세법 시행령§94 【외국납부세액의 공제】
특수관계인 거래
☞ 첨부 「가지급금 인정이자 등 세무조정 검토서식」, 「업무무관가지급금 등 지급이자 검토서식」을 활용ㆍ검토
(1) 특수관계인에 대한 업무무관 가지급금 등 관련 손금부인
• 대여금, 기타채권 등으로 재무제표에 계상된 금액 중 특수관계인에 대한 대여금이 업무무관 가지급금에 해당하는 경우, 관련 인정이자를 익금 산입 후 귀속자에 따라 소득처분하고, 지급이자는 손금불산입 기타사외유출 처분
• 특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 업무무관 가지급금에 대하여 대손처리하거나 관련 인정이자ㆍ지급이자에 대하여 세무조정을 하지 않은 경우, 대손금 손금부인, 인정이자 익금산입 후 귀속자에 따라 소득처분하고 지급이자는 손금불산입 기타사외유출 처분
• 특수관계가 소멸되지 아니한 경우로서 가지급금의 이자를 이자 발생일이 속하는 사업연도 종료일부터 1년이 되는 날까지 회수하지 아니한 경우, 인정이자 익금산입 후 귀속자에 따라 소득처분
• 대여금, 기타채권 등으로 계상된 금액은 합계표준대차대조표의 차변 합계액 전액에 대하여 업무무관 가지급금 해당 여부를 검토하여 소득처분
* 법인세법§28 【지급이자의 손금불산입】, 법인세법§52 【부당행위계산의 부인】, 법인세법 시행령§88 【부당행위계산의 유형 등】
손익 귀속시기
(1) 유가증권평가손실에 대한 손금불산입
• 유가증권평가손실은 법인세법에서 별도로 규정한 경우(주식발행법인 파산 등) 이외는 미실현손실로 손금에 산입할 수 없는 것으로, 결산 시 계상한 유가증권평가손실에 대하여 손금불산입(유보) 세무조정
* 법인세법§22 【자산의 평가손실의 손금불산입】
(2) 전기오류수정손실에 대한 손금불산입
• 법인세법 상 전기의 회계오류로 발생한 전기오류수정손실을 당기에 이익잉여금 처분계산서, 손익계산서에 계상한 경우, 손금불산입 유보처분
- 권리의무가 확정된 사업연도를 기준으로 손익의 귀속시기를 판단
* 법인세법§40 【손익의 귀속 사업연도】
부동산 양도차익
(1) 고유목적사업에 사용하지 않은 부동산의 양도차익에 대한 법인세 납부
• 비영리법인이 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 다음 각호의 구분에 따른 수입을 제외한 수입은 법인세 과세대상 소득임
- 유ㆍ무형자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우 : 해당 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입
- 유ㆍ무형자산을 10년 이상 고유목적 사업이 직접 사용한 경우(처분일 현재 고유목적사업에 직접 사용하고 있지 않은 경우를 포함) : 아래 계산식에 따라 계산한 수입
* ’25. 2. 28. 이후 유ㆍ무형자산을 처분하는 분부터 적용
* 법인세법§4 【과세소득의 범위】
(2) 비사업용 토지 등을 양도한 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부
• ’16년부터는 중소기업도 일정 주택 및 비사업용토지(미등기 토지 등은 양도시기에 관계없이 과세)를 양도한 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세 이외에 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 함(’15.12.31. 중소기업 과세유예 일몰 종료)
• 토지 등 양도소득에 대한 추가 법인세는 해당 사업연도에 결손금이 발생하거나 이월결손금 잔액이 있는 경우라도 추가 납부하여야 함
* 법인세법§55의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】, 법인세법§4 【과세소득의 범위】
(3) 주택 등을 양도한 경우 토지 등 양도소득에 대한 법인세 추가 납부
• 법령에 열거된 일정한 경우를 제외하고 법인이 주택, 조합원입주권 및 분양권을 양도한 경우 각 사업연도 소득에 대한 법인세 이외에 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 추가 납부하여야 함
* 법인세법§55의2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】, 법인세법§4 【과세소득의 범위】
익금산입 및 손금불산입
(1) 자기주식 보유 및 처분이익에 대한 익금산입
• 상법을 위배하여 자기주식을 보유한 경우 업무무관 자산에 해당하므로 지급이자 손금불산입 세무조정
• 자기주식처분이익은 기업회계상 자본잉여금(기타자본잉여금)으로 처리하도록 하고 있으나, 법인세법상으로는 익금에 해당되는 것으로 자기주식처분이익에 대하여 익금산입 후 기타처분
* 법인세법§15 【익금의 범위】, 법인세법§28 【지급이자의 손금불산입】
(2) 해산 등으로 인한 의제배당금액에 대한 익금산입
• 법인의 해산, 감자, 합병ㆍ분할 또는 잉여금의 자본전입 등으로 주주에게 귀속되는 이익은 의제배당으로 익금산입 후 배당처분
• 특히, 기업인수 등을 위한 주식취득 후 주식발행 법인의 불균등 감자시 의제 배당 여부를 검토하여 익금산입 후 배당처분
* 법인세법§16 【배당금 또는 분배금의 의제】
(3) 국외특수관계인에게 지급한 이자 등에 대한 손금불산입
• 세무상 조정소득금액(감가상각비와 순이자비용을 차감하기 전 소득금액) 대비 국외특수관계인에 대한 순이자비용(이자지급총액과 이자수취총액의 차액)이 30%를 초과하는 경우 그 초과분은 손금 불산입 후 기타사외유출 처분
• 국외특수관계인과 혼성금융상품(부채ㆍ자본 성격을 동시에 갖는 금융상품)거래 시 비용공제된 지급이자가 적정기간내 국외특수관계인이 소재한 국가에서 과세되지 않는 경우 손금 불산입 후 기타사외유출 처분
* 국조법§24 【소득대비 과다이자비용의 손금 불산입】, 국조법§25 【혼성금융상품 거래에 따라 발생하는 이자비용의 손금 불산입】
(4) 특허권 등 취득ㆍ대여ㆍ양도 관련 익금산입
• 법인이 특허권, 실용신안권, 디자인권, 상표권 등을 취득하기 위해 직접 사용된 금액(재료비, 노무비, 무체재산권 설정관련 비용)을 당기 손금으로 계상한 경우 무형자산의 취득에 해당하므로 익금산입 유보처분
• 특허권ㆍ상표권 등을 타인에게 대여하여 발생한 수입수수료 등(전용실시권료, 통상실시권료) 또는 양도금액은 익금에 해당하므로 계상 누락한 경우 익금산입 후 소득귀속에 따라 대표자 상여처분 등
* 법인세법§15 【익금의 범위】, 법인세법§41 【자산의 취득가액】
(5) 주택 임대업을 영위하는 법인
• 주택을 임대하는 법인이 현금으로 수취한 임대 수입금액 계상을 누락한 경우 익금산입 후 소득귀속에 따라 소득처분
• 특수관계인에게 부동산을 무상임대하는 경우 부당행위계산부인 적용이 될 수 있음
* 법인세법§15 【익금의 범위】, 법인세법§52 【부당행위계산의 부인】
(6) 수입배당금 익금불산입
• 배당기준일 전 3개월 이내에 취득한 주식 등을 보유함으로써 발생하는 수입배당금에 대해서는 수입배당금 익금불산입 규정을 적용할 수 없음
* 법인세법§18조의2 【내국법인 수입배당금의 익금불산입】
(7) 주식매수선택권 등 주식보상비용
• 벤처기업 주식매수선택권을 총 발행주식의 10%를 초과하여 부여한 경우, 10% 초과분 주식매수선택권이 행사된 경우 행사 사업연도에 손금불산입하고 기타 소득처분 대상임
* 법령§19 【손비의 범위】, 벤처기업육성에 관한 특별법§16의3 【벤처기업의 주식매수선택권】
비영리법인
(1) 비영리법인의 수익사업 수입금액 누락 등에 대하여 익금산입
• 노인복지시설에서 제공하는 사회복지사업은 수익사업에 해당하지 않으나 노인전문병원 운영업은 수익사업에 해당함
• 사업서비스업 중 연구 및 개발업에서 발생하는 수입은 수익사업에 해당하지 않으나 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 경우 수익사업에 해당함
• 비영리법인이 수익사업을 영위하면서 세금계산서, 계산서 등을 발행하거나 국고보조금 등을 수취한 경우 수익사업 수입금액은 법인세 과세대상에 해당함
* 법인세법§4 【과세소득의 범위】
(2) 고유목적사업준비금 설정 한도 등
• 비영업대금의 이익이 있는 경우에는 고유목적사업준비금 설정 한도 50% 적용, 수익사업 소득금액의 50%를 초과하여 준비금을 설정한 법인이 지출한 인건비에 대해 총급여액 중 8천만원을 초과하는 금액은 원칙적으로 고유목적사업비에 해당하지 않음
• ’16년부터는 기타 수익사업에서 결손(④)이 발생한 경우 이자소득금액(①), 배당소득금액(②), 복지사업 관련 융자금에서 발생한 이자금액(③)에서 ④를 차감한 금액을 한도[(①＋②＋③)－④)]로 고유목적사업준비금 설정하여야 함. 다만, 특별법에 의하여 설립된 공제사업을 영위하는 비영리내국법인은 ’17년부터 적용
* 법인세법§29 【고유목적사업준비금의 손금산입】, 법인세법 시행령§56 【고유목적사업준비금의 손금산입】
(3) 당기순이익 과세법인(조합법인 등에 대한 과세특례)의 세무조정
• 당기순이익은 법인세 등 차감전순이익을 말하며, 일반법인보다 낮은 세율을 적용하는 대신에 각 사업연도소득에 대한 조세특례제한법상 대부분의 조세 혜택은 배제
• 당기순이익 과세를 포기한 경우에는 그 이후 사업연도에 반드시 세무조정에 의하여 법인세를 신고하여야 하고, 기업업무추진비 등에 대해 영리법인과 동일하게 세무조정
* 조세특례제한법§72 【조합법인 등에 대한 법인세과세특례】, 조세특례제한법 시행령§69 【조합법인 등에 대한 법인세 과세특례】