건설용지와 보유세 과세

작성자: 삼일아이닷컴 | Oct 23, 2026, 12:52:30 AM

이번 호에는 건설용지를 보유 또는 양도하면서 발생하는 다양한 세무상 쟁점과 건축주 관점에서 신축공사를 할 때 알아야 할 기초적인 세무를 다루고자 합니다. 먼저 건설용지를 보유할 때에는 종부세 등 보유세가 나오게 되는데, 이를 이해하기 위해서는 재산세 과세방식을 정확히 이해할 필요가 있습니다. 또한 보유 토지의 양도 시 비사업용 토지 여부 판단도 매우 중요합니다.

한편 신축공사 시에는 주로 부가세 처리가 쟁점이 될 수 있습니다. 이러한 점에 유의해 이하의 내용을 살펴보시기 바랍니다.

<주요 주제>

<건설용지의 보유 및 양도 관련 세무상 쟁점>

1. 건설용지의 장기간 보유와 세무상 쟁점

2. 건설용지와 보유세 과세

3. 개인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

4. 법인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

5. 개인과 법인의 비사업용 토지 판단법 비교

<신축공사 중 건축주의 세무처리법>

6. 공사 중 세무상의 이슈

7. 국민주택의 공급과 이의 건설용역 제공에 따른 부가세 실무

8. 국민주택 건설공사와 수익성 분석

건설용지를 보유하면 재산세와 종부세 같은 보유세가 부과될 수 있다. 이때 종부세가 얼마나 과세되는지가 중요하다. 종부세의 부담이 크기 때문이다.

1. 재산세와 종부세 과세방식

신축사업자가 건설용지를 보유 중에 발생하는 세무상 쟁점을 정리하면 아래와 같다. 토지 성격에 따라 재산세 과세방식이 달라진다. 이에는 분리과세, 별도합산과세, 종합합산과세 방식이 있다. 이들에 대한 과세방식을 정리하면 다음과 같다.

1) 분리과세 대상 토지

논이나 밭, 과수원, 목장토지, 임야의 일부, 공장용 토지(시 지역의 산업단지ㆍ공단지역의 기준면적 이내 토지)는 저율로, 골프장이나 고급오락장용 등의 토지는 고율로 과세한다. 한편 주택건설용지는 사업계획승인을 득한 경우 대부분 저율로 분리과세되고 있다.

재산세		종부세
전ㆍ답ㆍ과수원ㆍ목장용지ㆍ임야	0.07%	해당사항 없음.
골프장 및 고급오락장용 토지	4%
이외(건설 중 토지 등)	0.2%

이런 항목에 해당하는 토지는 다른 토지와 합산하지 않고 별도의 세율로 분리하여 과세하고, 종부세를 과세하지 않는다(사치성 토지는 이미 고율로 세금을 내고 있어 종부세를 추가하지 않음).

2) 별도합산대상 토지

공장(시 지역 중 산업단지ㆍ공단지역을 제외한 곳에 있는 공장)용 건축물 부수토지나 영업용 건축물의 부수토지 그리고 자동차운전학원용 토지 등 일정한 것은 별도로 합산하여 과세한다. 이때 건물을 짓고 있는 경우에는 건축물이 있는 것으로 보아 별도합산 과세한다.

이렇게 상업용 건물 부수토지 등 별도합산토지를 많이 가지고 있는 사람들은 종부세 과세대상이 된다. 다만 별도 합산과세토지의 경우 공시지가 기준으로 80억 원을 초과해야 종부세가 과세된다.

재산세		종부세
과세표준	세율	과세표준	세율
2억 원 이하	0.2%	200억 원 이하	0.5%
2억~10억 원 이하	0.3%(20만 원)	200억~400억 원 이하	0.6%
10억 원 초과	0.4%(120만 원)	400억 원 초과	0.7%

3) 종합합산대상 토지

종합합산대상 토지는 분리과세와 별도합산토지, 비과세와 과세경감토지를 제외한 모든 토지를 말한다. 예를 들어 놀고 있는 땅(나대지)이나 입지 기준면적을 초과한 공장토지 등이 해당한다. 이러한 종합합산대상 토지를 많이 갖고 있어도 종부세가 과세된다.

재산세		종부세
과세표준	세율	과세표준	세율
5,000만 원 이하	0.2%	15억 원 이하	1%
5천만~1억 원 이하	0.3%(5만 원)	15억~45억 원 이하	2%
1억 원 초과	0.5%(25만 원)	45억 원 초과	3%

적용 사례1(토지 보유)

K법인은 주택건설용지를 6년째 보유 중이다. 상황별로 답을 하면?

Q1. 주택건설용지에 대한 재산세 과세방식은?

지방세법 시행령 제102조 제7항 제7호에서는 등록 주택건설사업자가 국가 등으로부터 사업계획의 승인을 받은 토지로써 주택건설사업에 제공되고 있는 토지에 대해 분리과세를 적용하고 있다.

이와 무관한 토지는 종합합산과세가 된다.

※ 지방세법 시행령 제102조 [분리과세 대상 토지의 범위]

⑦ 법 제106조 제1항 제3호 사목에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 다음 각호에서 정하는 토지(법 제106조 제1항 제3호 다목에 따른 토지는 제외한다)를 말한다.7. 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(같은 법 제11조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업 주체와 도시 및 주거환경정비법 제24조부터 제28조까지 또는 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제17조부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로써 주택건설사업에 제공되고 있는 토지(주택법 제2조 제11호에 따른 지역주택조합ㆍ직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 신탁법에 따른 신탁재산의 경우에는 사업계획의 승인을 받기 전의 토지를 포함한다)

Q2. 주택법상 사업계획승인 대상이 아닌 토지^*는 그것이 주택건설사업에 공여되고 있는 토지이면 재산세가 분리과세되는가?

분리과세 대상 토지에 포함되지 아니한다(대판 2011두5551, 2015.4.16.). 따라서 이러한 토지는 종합합산과세로 재산세가 부과될 것으로 보인다.

* 주택법 제15조 제1항에서는 대통령령으로 정하는 호수(30세대) 이상의 주택건설사업을 시행하려는 자 또는 대통령령으로 정하는 면적(1만㎡) 이상의 대지조성 사업을 시행하려는 자는 국가 등으로부터 사업계획승인을 받도록 하고 있다.

Q3. 주택건설용지에 대한 종부세 과세방식은?

이는 아래와 같이 과세 여부를 판단한다.

ㆍ 재산세가 분리과세되는 토지 : 종부세 합산배제 적용

ㆍ 위 외 : 아래 특례가 적용됨(즉 취득 후 5년 내 사업계획의 승인을 받으면 종부세 합산배제를 함).

※ 조세특례법 제104조의19 [주택건설사업자가 취득한 토지에 대한 과세특례]

① 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 사업자(이하 이 조에서 “주택건설사업자”라 한다)가 주택을 건설하기 위하여 취득한 토지(토지를 취득한 후 해당 연도 종부세 과세기준일 전까지 주택건설사업자의 지위를 얻은 자의 토지를 포함한다) 중 취득일부터 5년 이내에 주택법에 따른 사업계획의 승인을 받을 토지는 종부세법 제13조 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 토지의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.1. 주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자 등

☞ 취득일로부터 5년 이내에 사업계획 승인을 받지 못하면 종부세가 추징된다. 다만, 천재지변, 법령에 따른 제한 등 대통령령으로 정하는 정당한 사유가 발생하여 제1항에 따른 취득일부터 5년 이내에 「주택법」에 따른 사업계획의 승인을 받지 못한 경우에는 그러하지 아니한다(2025.12.23 단서신설).

Q4. 사례의 토지에 대한 재산세와 종부세 과세방식은?

사례처럼 오래 묵혀놓은 토지는 재산세가 종합합산 과세가 된다. 또한, 5년 기간의 도과로 종부세가 과세될 가능성이 높다(5년 이내에 사업계획승인을 받지 못하면 원칙적으로 모든 기간에 대한 종부세가 추징됨).

Q5. 상가나 오피스텔 건축을 위한 토지의 보유세 과세방식은?

이는 아래처럼 과세된다.

ㆍ 재산세 : 보유 시 종합합산과세, 공사착수 시 별도합산과세

ㆍ 종부세 : 종합합산과세 5억 원, 별도합산과세 80억 원 초과 시 종부세 과세

ㆍ 비사업용 토지 : 착공 시는 취득일+2년, 착공 후 건설 기간은 사업용 기간으로 인정

적용 사례2(주택 보유)

Q. 멸실용으로 주택을 했지만 6월 1일 현재 이를 멸실하지 못한 경우가 있다. 이때 종부세 과세문제가 발생할 수 있다. 이 경우 종부세를 내야 하는가?

아래의 주택건설사업자가 주택건설사업을 위하여 멸실시킬 목적으로 취득하여 그 취득일부터 3년 이내에 멸실시키는 주택(기획재정부령으로 정하는 정당한 사유로 3년 이내에 멸실시키지 못한 주택을 포함한다)은 종부세를 과세하지 않는다(종부세법 시행령 제4조 제1항 제21호).

마. 주택법 제4조 제1항 본문에 따라 등록한 주택건설사업자(같은 항 단서에 해당하여 등록하지 않은 자를 포함한다)

Tip. 보유세 과세대상

보유세는 보유하고 있는 부동산에 부과되는 세금이다. 재산세는 지방세, 종부세는 국세로 되어 있다. 매년 6월 1일의 소유권이 있는 개인과 법인에게 과세한다. 보유세의 과세대상을 살펴보면 다음과 같다.

구분		재산세 과세대상	종부세 과세대상
주택		① 주택② 별장	○ (6억 원 등) ×
토지	분리과세	① 저율 분리과세 : 전, 답, 과수원, 목장토지, 임야 중 일부토지② 고율 분리과세 : 골프장, 고급오락장용 부수토지③ 기타 분리과세 : 공장토지, 주택건설용지 등	×
	별도합산	① 영업용 건축물의 부수토지로 기준면적 이내 토지② 건축물이 없더라도 건축물의 부수토지로 보는 토지 등	○ (80억 원)
	종합합산	① 나대지② 분리과세 대상 토지 중 기준면적초과 토지③ 별도합산 대상 토지 중 기준면적초과 토지④ 분리과세, 별도합산과세대상에서 제외된 모든 토지	○ (5억 원)
기타		① 건축물- 골프장, 고급오락장- 도시의 주거지역 내의 공장용 건축물 등② 선박과 항공	×

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