[조세동향] Korean Tax Update 2026. 04. (정기 세무조사 시기선택제 시행 등)

 

정부는 2026년 3월 31일 「2026년 조세지출 기본계획」을 의결한 가운데, 2026년 조세지출제도 운영과 관련하여 모든 조세지출제도를 원점에서 재검토하여 불요불급한 조세지출을 폐지하는 등 조세지출을 정비하는 한편, 국내생산촉진세제ㆍ생산적 금융 ISA 등 경제재도약을 위한 세제지원을 도입할 예정이며, ‘일몰 재도래시 제도 폐지’ 원칙 도입 등 조세지출 관리제도 개선도 병행할 계획임. 재정경제부는 각 부처협의 등을 거쳐 2026년 세법개정안에 이번 조세지출 기본계획을 반영할 예정이며, 2026년 조세지출 기본 운영방향의 구체적인 내용은 다음과 같음.

 

 

구분	내용
잠재성장률 반등을 위한 세제지원 효율화	• 연구개발ㆍ투자가 적재적소에 이루어지도록 국가전략ㆍ신성장 원천기술을 지정하여 미래전략산업 육성과 초혁신경제 구현 지원 • 국내생산기반 확보가 필요한 품목에 대한 국내생산촉진세제 도입 등 경제안보와 공급망 안정화 필요에 대응 • 국민성장펀드ㆍ생산적 금융 ISA 도입 등 첨단산업ㆍ국내주식 장기투자 등 생산적 부문으로의 자금흐름 대전환 지원 • 화석연료에 대한 조세지출 합리화ㆍRE100 산단 입주기업의 세제지원 강화 등 기후변화 대응과 녹색 대전환 지원
국민균형성장 및 양극화 극복 뒷받침	• 기업의 연구개발ㆍ투자 및 중소기업 근로자의 근로소득에 대해 지역별로 차등 지원하여 지방주도성장 촉진 • EITC 개선방안 마련 등 저소득층과 서민ㆍ중산층 지원 강화, 중소기업ㆍ벤처 창업ㆍ투자에 대한 지원 확대 • 청년미래적금 이자 비과세 등 청년층 생활ㆍ자산형성 지원
외환ㆍ금융ㆍ부동산시장의 리스크 관리 지원	• 외환시장의 변동성 완화 등 외환ㆍ금융시장의 리스크 관리 지원 • 인구감소지역 주택 수요 확충, 지방 미분양주택 해소 지원 등 지방 부동산시장 안정화 지원

 

구분	내용
조세지출제도 전수조사를 통해 불요불급한 조세지출 폐지	• 전체 조세지출제도를 전면 재검토하여 유형별 정비대상 선정(제도폐지ㆍ재정지출 전환ㆍ제도 재설계ㆍ지원 상시화ㆍ성과평가 후 결정 등), 전략적ㆍ획기적 정비 추진 • 지원 필요성이 소멸된 조세지출 및 장기 운영된 제도는 적극적 폐지
조세지출제도 재설계 및 재정지원 전환	• 정책목적상 지원 필요성은 인정되나 정책환경 변화 등에 따른 조정이 필요한 제도 재설계(수도권 집중 심화ㆍ기술발전ㆍ글로벌최저한세 등 국제적 동향 등을 고려한 조세지원 대상ㆍ방법ㆍ수준 등 조정)를 통해 조세지출 효과성 제고 • 지원 효과성 제고 등을 위해 조세지출의 재정지출 전환 추진 - 재정지출이 소득재분배에 효과적이거나 유사ㆍ중복지출의 정비를 통한 효율성 제고가 필요한 조세지출의 재정지출 전환 추진
성과평가 제도의 적극적 운용	• 심층평가ㆍ예비타당성평가 등 성과평가 제도의 적극 운용ㆍ세제지원 적정수준 유지 - 지원 필요성이 인정되는 조세지출제도는 일몰 도래시 심층평가 등 성과평가를 통해 정비 여부 재검토 - 조세지출 예타 면제 제도를 엄격하게 적용하는 등 불요불급한 제도 신설 방지

 

구분	내용
관행적 일몰연장 탈피를 위한 일몰제도 운영 개선	• 일몰 도래 시 적용기한을 1회 연장한 제도는 ‘일몰 재도래시 제도 폐지’ 원칙 도입으로 일몰 장기화 차단(일몰 재도래시에도 지원 필요성 인정 시 재설계 등 의무화) • 일몰기한이 없는 조세지출제도의 주기적 심층평가(5년) 실시 등 상시제도 관리 강화
국세감면한도 준수를 위한 국세감면액 총량관리 강화	• 조세감면에 따른 세수보완대책의 제출 대상을 신규 감면 요청에서 기존 감면 연장요청까지 확대 • 세수보완대책 총괄표 도입으로 부처 단위로 세수감소 및 재정확충 총량을 파악하여 재정확충액 한도 내 감면신설 등 허용 • 국가전략기술, 신성장ㆍ원천기술 대상 첨단기술 총량 관리 제도 도입 (신규 기술 요청 시 기존 지원기술에 대한 기술 재평가 등을 통한 지원대상 축소 검토)
조세지출 보고제도 객관성ㆍ효율성 제고	• 조세지출결산서 도입으로 조세지출제도 운영에 대한 국회 심의ㆍ관리 강화 • 조세지출관리가 반드시 필요한 제도를 중심으로 한 효율적 관리가 가능하도록 관리대상 조세지출 범위 합리화방안 마련

 

국세청이 납세자가 정기 세무조사 시기를 직접 선택하는 「정기 세무조사 시기선택제」와 세무조사에서 주로 검증하는 항목 10개를 사전공개하여 납세자가 스스로 점검할 수 있도록 하는항목 10개를 사전공개하여 납세자가 스스로 점검할 수 있도록 하는 「중점검증항목 사전공개」 등의 세무조사 혁신방안을 발표한 가운데, 2026년 4월부터 전면 시행되는 정기 세무조사 시기선택제와 이번에 발표된 중점검증항목 유형은 다음과 같음

 

 

• 정기 세무조사 대상자가 3개월 내에서 조사 착수 시기 직접 선택(2026년 4월부터 전면 시행)

• 정기 세무조사 대상자로 선정된 납세자는 안내문을 받고 3개월 범위 내에서 월 단위(1ㆍ2순위)로 조사 시기 선택 가능(실제 조사 착수 20일 전까지 기존과 같이 정식 사전통지)

 

 

• 국세청이 최근 세무조사 실적을 분석하여 세무조사 과정에서 반복적으로 과세되는 10개 핵심 유형을 선별하여 유형별 유의사항ㆍ실제 과세사례ㆍQ&A 등을 국세청 홈페이지에 공개하고 세무조사 착수시 안내자료로 제공

 

 

중점검증항목	주요 추징유형
① 법인(사업용) 신용카드 사적 사용	• 개인 신변잡화ㆍ가정용품(의료용 기구, 화장품, 예술품 등) 구입 • 업무무관 업소(스포츠 교육기관, 오락장 등) 이용 • 개인적 치료비(성형외과, 피부과, 치과, 한방병원 등) 결제 • 업무와 무관한 주말ㆍ공휴일 사용ㆍ해외 사용ㆍ사업장 밖 원거리 사용
② 대표자 등 개인계좌를 통한 매출신고 누락	• 대표자ㆍ친인척 및 직원 계좌로 받은 매출대금 미신고 • 대표자 해외계좌를 통해 받은 해외 매출대금 미신고 • 온라인ㆍ플랫폼 매출을 개인계좌로 정산 후 미신고
③ 정당한 사유없이 매출채권 등 임의포기	• 관계유지를 위해 회수 가능한 거래처 매출채권 포기 • 특수관계법인에 대한 매출채권 임의포기 • 확정된 판매금액을 사전 약정ㆍ규정없이 할인해 주는 경우
④ 근로 사실이 없는 가공인건비 계상	• 실제 근무하지 않는 특수관계인(배우자ㆍ자녀ㆍ친인척 등) 인건비 계상 • 허위 직원(명의만 있는 직원) 인건비 계상 • 퇴직자 인건비 계속 계상
⑤ 연구ㆍ인력개발비 부당 세액공제	• 단순 업무(단순 품질검사, 단순 개량 등) 수행 연구원 인건비에 대한 세액공제 • 타 업무(일반행정 업무 등) 겸직 연구원 인건비에 대한 세액공제 • 연구개발 외 타 목적 해외출장이 확인되는 연구원 인건비에 대한 세액공제
⑥ 가지급금 등의 인정이자 계산 누락	• 대표자 등이 법인 자금을 사적 용도로 사용하고 이자 미지급 • 법인이 특수관계인에게 대여금 형식으로 자금을 대여하면서 무이자(저율) 적용
⑦ 자산화 요건 충족한 비용을 당기 비용처리	• 대규모 리모델링 비용을 수선비로 처리 • IT시스템ㆍERP 구축비용을 지급수수료로 처리 • 기타 자본적 지출(자산의 내용연수 연장, 가치성능 증대) 금액을 비용 처리

 

중점검증항목	주요 추징유형
① 사실과 다른 세금계산서 수수	• 실제 재화ㆍ용역의 공급없이 세금계산서 수수 • 공급가액ㆍ거래시기ㆍ거래상대방 등이 허위 기재된 거짓세금계산서 수수
② 부가가치세 과ㆍ면세 구분 오류	• 과세매출을 면세매출로 신고하거나 일부 면세거래를 전체 매출로 확대 적용 • 과ㆍ면세 겸영사업자의 안분계산 오류 • 면세사업 관련 비용의 매입세액 공제 • 부수재화ㆍ용역의 과ㆍ면세 오인 (주된 거래가 과세임에도 부수 거래를 면세 처리 등)
③ 개인적공급 등에 대한 부가가치세 신고누락	• 사업용 재화(차량, 전자기기 등) 및 부동산을 사적 용도로 사용 • 거래처ㆍ임직원ㆍ특수관계인에게 사업용 재화 무상(저가) 제공 • 자가건설ㆍ자가제조 재화의 사적 사용

 

관세청이 ‘인공지능(AI)으로 공정성장을 선도하는 관세청’이라는 비전 아래 ① 든든한 관세 국경, 안전한 사회, ② 공정한 교역, 굳건한 경제안보 ③ 함께하는 성장, 활력있는 경제를 3대 목표로 하는 「2030 관세행정 미래성장혁신 전략」을 발표하였으며, 관세청은 이번 전략을 통해 관세행정의 업무 체계를 ① 인공지능(AI) 전환 ② 국경관리 ③ 무역거래관리 ④ 무역범죄 수사대응 ⑤ 대국민 서비스의 5대 축으로 전면 재편할 계획이며 이에 대한 구체적인 내용은 다음과 같음.

 

주요 내용
① 인공지능(AI) 전환 관세행정 전반을 연결하는 핵심 인프라	• 인공지능(AI)을 개별 업무 도구가 아닌 관세행정 전반을 연결하는 핵심 플랫폼으로 구축하고, 자체 개발한 인공지능(AI)과 외부 인공지능(AI)을 병행하는 전략을 통해 관세행정 전 영역에서 인공지능(AI) 활용을 단계적으로 확산 - 관세행정 전반에 인공지능(AI)을 접목하는 인공지능 전환(AX) 혁신 추진 - 데이터ㆍ장비ㆍ인력 등 인공지능(AI) 활용 기반 확충 - 현장 업무의 인공지능(AI) 중심 전환 - 관세 시스템을 인공지능(AI) 기반 구조로 전면 개편 등
② 국경관리 국가 위협요소 차단을 위한 국경관리 구조 재설계	• 기존 절차 중심 관리에서 벗어나 관세국경을 다층적 그물망 필터링 구조로 탈바꿈 - 범정부 통합 위험관리 체계 구축 - 2차 저지선 도입 등 국경감시 구조 재설계 - 3D 증강현실 관제시스템 등 첨단 스마트 국경 도입 - 가상세관(Virtual Customs) 도입 - 관계기관 협업 기반 통관체계 강화 등
③ 무역거래관리 세수 기반을 정상화하고 공정한 무역질서 확립	• 기존의 사후 적발 중심에서 무역거래 전 과정을 상시 관리하는 체계로 전환하고 성실신고 지원 기능 강화 - 관세 검증 체계 전면 재설계 - 수출입관련 위반 사항 전면 점검을 통한 관세조사 프레임워크 구축 - 고액ㆍ악성 체납자 사전 재산압류 및 고강도 제재 - K-브랜드 침해행위 대응을 위한 국내외 거버넌스 구축 - 지역별 토착 제조산업 성장ㆍ지원 - 우회덤핑 거래를 자동 분석하는 모니터링맵 구축 등
④ 무역범죄 수사대응 수사체계 고도화를 통한 무역범죄 엄단	• 마약수사 단속 기반 정비, 수사 인프라 확충을 통한 초국가범죄 및 가상자산 악용 범죄 등에 대응하는 전문 수사 기관으로 전환 • 해외 공급망까지 추적하는 수사 확대와 범죄수익 환수 체계 강화를 통해 국경을 넘는 범죄 대응 역량을 획기적으로 제고 - 청장 직속 ‘국경마약통제본부’ 운영 - 수사 조직ㆍ인력ㆍ장비 보강 - 총기류 차단을 위한 기관간 공동 대응체계 구축 - 가상자산 위험거래 분석시스템 운영 - 디지털포렌식 및 자금추적 역량 강화 - 국제공조 기반 협력체계 확대 등
⑤ 대국민서비스 국민과 기업 중심 관세행정	• 단편적이고 기관 중심 서비스 제공 방식에서 사용자 중심 서비스로 전환 • 관세행정의 관리영역을 해외까지 확장하여 해외 진출 기업의 통관 애로를 현지에서 선제적으로 지원하는 체계를 구축하여 기업이 통관리스크를 사전 예측하고 대응할 수 있도록 지원할 계획 - 전자상거래 통합 플랫폼 서비스 제공 - 여행자 통합 신고앱 구축 - 인공지능(AI) 개인통관 상담시스템 구축 - 소비자 수입품 안심 모바일 앱 개발 - 원산지 및 품목분류(HS) 지원 서비스 제공 등

정부는 다주택자가 보유한 조정대상지역 주택에 대한 양도소득세 중과 유예 기한을 당초 발표대로 2026년 5월 9일로 하되, 최근 토지거래허가 신청 증가와 토지거래허가 심사 소요기간 등을 감안할 때, 매도 의사가 있는 다주택자가 토지거래허가 심사 절차로 인해 불편을 겪지 않도록 매매계약 체결분뿐만 아니라 토지거래허가 신청분까지 양도소득세 중과 적용을 배제하는 보완방안을 마련한 바, 양도소득세 중과 유예 종료 보완방안의 주요 내용은 다음과 같음.

 

구분	주요 내용
양도소득세 중과 유예 보완 방안	• 다주택자가 2026년 5월 9일까지 토지거래허가를 시ㆍ군ㆍ구청에 신청하는 경우 토지거래허가를 받고 매매계약을 체결한 후 양도하는 다음 주택에 대해 양도소득세 중과 제외 ① 기존 조정대상지역(서울시 강남구ㆍ서초구ㆍ송파구ㆍ용산구) 주택을 계약일부터 4개월 내(2026년 9월 9일까지로 한정) 양도하는 경우 ② 2025년 10월 16일 신규 지정된 조정대상지역 주택을 계약일로부터 6개월 내(2026년 11월 9일까지로 한정) 양도하는 경우 • 다주택자가 제3자에게 임대 중인 주택을 무주택자에게 매도하는 경우 2026년 5월 9일까지 시ㆍ군ㆍ구청에 토지거래허가를 신청하면 토지 거래 허가제도에 따른 매수자의 실거주의무와 주택담보대출 실행 시 전입신고 의무를 다음과 같이 유예 ① 실거주의무 유예: 2026년 2월 12일 기준 체결된 임대차계약상 최초계약종료일까지 유예(2028. 2. 12.까지 가능) ② 전입신고 의무 유예: 대출 실행일로부터 6개월 또는 임대차계약 종료일로부터 1개월 중 더 늦은 시점까지 유예
입법예고 등 향후계획	• 재정경제부와 국토교통부는 소득세법 시행령 및 부동산거래신고법 시행령 개정안을 입법예고(2026. 4. 10.~2026. 4. 17.)하고 2026년 4월 내 공포ㆍ시행을 목표로 추진 예정

 

기업구조조정 부동산투자회사가 직접 취득하는 수도권 밖의 준공 후 미분양 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 법인세 추가 과세를 배제하는 적용기한을 연장하는 등의 내용으로 「법인세법 시행령」이 개정된 것에 맞추어, 해당 준공 후 미분양주택의 세부 요건과 확인 절차를 마련하는 한편, 법인세 추계 결정 또는 경정에 따른 과세표준과 법인 당기순이익과의 차액에 대한 대표자 상여처분 시에도 사업연도 중 대표자 변경 시 재직기간 일수에 따라 구분계산하여 신ㆍ구 대표자에게 각각상여로 처분하도록 하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

 

 

국외 전출에 따른 양도소득세 과세 대상에 국외 주식 등을 추가하되, 국외전출자 주식 등에 대한 범위를 한정하고, 종합투자계좌에서 발생하는 이익을 배당소득에 포함하며, 다주택자에 대한 양도소득세 중과세율 적용 유예 조치를 2026년 5월 9일에 종료하되, 2026년 5월 9일까지 매매계약을 완료하고 그 계약일부터 4개월 또는 6개월 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세가 중과되지 않도록 하는 등의 내용으로 「소득세법」 및 같은 법 시행령이 개정된 것에 맞추어, 국외전 출세 과세대상에 국외주식 등을 포함하여 관련 서식을 정비하고, 종합투자계좌의 수익자별 배당 소득금액을 종합투자계좌의 수익지분당 배당소득금액에 이익 분배 시 보유하고 있는 수익지분 수를 곱한 금액에서 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 보수ㆍ수수료 등을 뺀 금액으로 구체화하며, 토지거래계약 허가증 사본 등 다주택자에 대한 양도소득세가 중과되지 않는 주택에 해당하는지 확인하기 위한 서류를 정하는 등 법령에서 위임된 사항과 그 시행에 필요한 사항을 정하는 한편, 상생임대주택에 대한 양도소득세 비과세를 적용받기 위해 2년 거주기간 요건을 완화하는 특례의 적용을 신청하는 경우 과세요건을 명확히 하기 위해 거주기간이 아닌 직전 임대 차계약체결일을 확인할 수 있도록 관련 서식을 정비하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비 점을 개선ㆍ보완하려는 것임.

 

 

전력 공급 관련 부대비용에 대한 세금계산서 발급 특례 적용 범위에 재생에너지전기저장판매사업자, 송전제약발생지역전기공급사업자 및 분산에너지사업자를 추가하고, 예정신고 또는 확정신고를 할 때 현금매출명세서를 함께 제출해야 하는 업종에 미디어콘텐츠창작업을 추가하는 등의 내용으로 「부가가치세법 시행령」이 개정된 것에 맞추어, 재생에너지전기저장판매사업자 등의 전력 공급 관련 비용을 부대비용의 범위에 포함하고, 현금매출명세서 서식에 미디어콘텐츠창작업 관련 현금매출 명세란을 추가하는 한편, 사업자등록 신청서에 투자조합 여부란을 신설하여 그 세부명세에 관한 사항을 기재하도록 하는 등 현행 제도의 운영상 나타난 일부 미비점을 개선ㆍ보완하려는 것임