연말정산 공제 실수, 종합소득세 신고로 해결하세요

작성자: 삼일아이닷컴 | May 18, 2026 8:05:59 AM

지난 연말정산에서 공제 또는 감면에 오류가 있었던 근로자는

이번 6월 1일까지 종합소득세 신고로 정정할 수 있습니다.

국세청은 연말정산한 근로자에게 부양가족 공제 오류를 최초로 개별 안내한다고 밝혔습니다.

(출처: 국세청)

1. 연말정산 때 미처 못 받은 공제가 있는 경우

□ 근로자가 연말정산할 때 놓친 공제 및 감면이 있다면 종합소득세 신고기간(5.1.~6.1.) 동안 종합소득세 신고^*를 통해 반영하면 된다.

* [경로] 홈택스로그인→세금신고→종합소득세 신고→근로소득 신고→정기 신고

○ 공제를 추가 반영하여 발생한 환급금^*은 신고기한(6.1.)으로부터 30일 내에 종합소득세 신고서에 기재한 근로자 본인 명의 계좌로 지급된다.

* 지방소득세는 종합소득세 환급 후 4주 이내에 관할 지방자치단체를 통해 지급

2. 연말정산 때 더 많이 받은 공제가 있는 경우

□ 연말정산할 때 공제･감면을 잘못 신고하여 소득세를 적게 낸 근로자는 종합소득세 신고기간 동안 잘못된 부분을 정정하여 신고하면 된다.

○ 근로자가 종합소득세 신고기간에 잘못을 정정하지 않으면, 국세청이 하반기에 실시하는 과다공제 점검과정에서 적게 낸 세금뿐만 아니라 각종 가산세^*까지 부담해야 할 수 있다.

* 과소신고가산세 : 적게 신고한 세액의 10%(부정행위로 적게 신고한 경우 40%) 부과
* 납부지연가산세 : 적게 납부한 세액에 대해 1일당 22/100,000 부과

3. 부양가족 공제 오류, 근로자 개별 안내 최초 실시

□ 국세청은 연말정산 자료를 신속히 분석하여, 매년 사후적으로 점검해 왔던 공제 오류 중 일부를 근로자에게 미리 안내^*한다.(5.15.)

* (1차 발송) 카카오톡, (1차 발송 실패시) 네이버 알림으로 안내문 발송

○ 이번에 안내되는 공제 오류는 동일한 부양가족을 중복하여 공제받은 경우, 사망한 자 또는 무관계자를 부양가족으로 공제받은 경우이다.

○ 부양가족 공제 오류 모바일 안내문을 받은 근로자는 홈택스^*를 통해 상세한 내용을 확인할 수 있고, 잘못 신고된 공제내용은 종합소득세 신고기간 동안 가산세 없이 정정할 수 있다.

* [경로] 홈택스 로그인→장려금ㆍ연말정산ㆍ기부금→연말정산간소화→소득ㆍ세액공제 자료 조회

<신고 유의사항>

※ 공제 오류로 확인된 부양가족은 인적공제뿐만 아니라, 해당 부양가족의 보험료, 의료비, 교육비, 기부금, 신용카드 등 사용금액도 공제대상에 해당하지 않으므로, 종합소득세 신고시 반드시 제외해야 한다.

4. 여러 소득이 있거나 2개 이상의 회사에서 근무한 경우

□ ’25년 중 근로소득 외에 사업･기타소득, 2천만원 이상의 이자･배당소득이 있다면 해당 소득과 근로소득을 합산하여 종합소득세 신고를 해야 한다.

□ 또한, ’25년 중 이직 등으로 2개 이상의 회사에서 급여를 받은 근로자가 주된 근무지에서 연말정산할 때 합산 신고하지 않았다면, 각 회사별로 원천징수영수증을 확인하여 종합소득세 신고기간에 합산 신고해야 한다.

○ 근로자가 회사별로 연말정산을 이행하였다고 해도 합산하여 신고하지 않을 경우에는 무신고가산세, 납부지연가산세가 부과될 수 있다.

□ 앞으로도 국세청은 납세자의 세부담이 최소화되도록 부양가족 공제 오류뿐만 아니라, 각종 공제 오류에 대한 사전 안내를 확대해 나갈 계획이다.

○ 국세청 누리집의 「연말정산 종합안내^*」 또는 국세상담센터^**를 이용하면 각종 공제･감면과 관련된 궁금한 사항을 해결할 수 있다.

* [경로] 국세청 누리집(www.nts.go.kr)→국세신고안내→개인ㆍ법인신고안내→연말정산 종합안내

** [경로] 국세상담센터 ☎126→1→5(연말정산간소화)→1(소득공제 요건 등 세법관련 문의)

[참고] 연말정산 때 잘못 신고한 주요 사례

□ 공제를 적게 받은 사례

항목	공제누락 사례
월세액 세액공제	월세액 세액공제 요건을 갖추지 못해 월세에 대한 현금영수증을 발급받았지만 신용카드 등 사용금액 소득공제를 누락한 경우 ☞ 월세액 세액공제를 적용받지 못해도 신용카드 등 사용금액 소득공제는 적용 가능(중복으로 공제받을 수는 없음)
기부금 세액공제	’24년 이전에 기부하였으나 공제받지 않은 기부금(이월기부금)이 있는데도 ’25년 기부금 공제를 받지 않은 경우 또는 기부금 적격단체로부터 종이 기부금 영수증을 받았는데 공제 누락한 경우
장애인 추가공제	발달재활서비스를 지원받고 있는 장애아동을 부양하고 있는 부모가 병원으로부터 “장애인증명서”를 발급받지 못해 자녀의 장애인 추가공제를 누락한 경우 ☞ ’25년부터 장애아동의 증빙인정서류 범위를 확대하여 “장애인증명서” 이외에 “발달재활서비스 이용증명서”로도 공제 가능
교육비 세액공제	대출받은 대학 등록금(학자금) 상환액을 교육비 공제 누락하거나, 취학 전 아동 학원비 등 수동 증빙을 누락해 공제받지 않은 경우

□ 공제를 많이 받은 사례

항목	과다공제 사례
소득기준 초과 부양가족 공제	연간 소득금액(근로ㆍ사업ㆍ양도ㆍ퇴직 등) 합계액이 100만원을 초과하는 부양가족을 인적공제 받은 경우
장기주택저당차입금 이자상환액 소득공제	과세연도 종료일(12.31.) 기준 2주택 이상을 보유한 세대에 해당하거나, 주택 취득 시 기준시가 요건^을 초과하는데도 장기주택저당차입금(주택담보대출) 이자상환액 공제를 적용받은 경우 ’24.1.1.이후 취득시 기준시가 6억원 이하 주택만 공제 가능
의료비 세액공제	건강보험공단의 본인부담금 상한제 초과환급금 또는 보험회사의 실손의료보험금을 의료비에서 제외하지 않고 세액공제 받은 경우
혼인세액공제	’25년 혼인은 하였으나, 혼인신고를 하지 않은 자가 혼인세액공제를 받은 경우 ☞ ’24~’26년 중 혼인신고한 거주자에 한하여 생애 1회만 적용 가능

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