법인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

2026-10-29

이번 호에는 건설용지를 보유 또는 양도하면서 발생하는 다양한 세무상 쟁점과 건축주 관점에서 신축공사를 할 때 알아야 할 기초적인 세무를 다루고자 합니다. 먼저 건설용지를 보유할 때에는 종부세 등 보유세가 나오게 되는데, 이를 이해하기 위해서는 재산세 과세방식을 정확히 이해할 필요가 있습니다. 또한 보유 토지의 양도 시 비사업용 토지 여부 판단도 매우 중요합니다.

한편 신축공사 시에는 주로 부가세 처리가 쟁점이 될 수 있습니다. 이러한 점에 유의해 이하의 내용을 살펴보시기 바랍니다.

<주요 주제>

<건설용지의 보유 및 양도 관련 세무상 쟁점>

1. 건설용지의 장기간 보유와 세무상 쟁점

2. 건설용지와 보유세 과세

3. 개인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

4. 법인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

5. 개인과 법인의 비사업용 토지 판단법 비교

<신축공사 중 건축주의 세무처리법>

6. 공사 중 세무상의 이슈

7. 국민주택의 공급과 이의 건설용역 제공에 따른 부가세 실무

8. 국민주택 건설공사와 수익성 분석

법인이 단독주택이나 상가 등의 건물을 취득하고 이를 멸실시켰지만 신축에 이르지 못하고 나대지 상태로 양도하는 경우가 많다. 이하에서 사례를 통해 이에 대한 세무관리법 등을 정리해보자.

1. 법인의 토지와 양도와 세무상 쟁점

법인 소유의 토지는 목적에 무관하게 법인세법에서 정하고 있는 비사업용 토지에 해당되는지를 판정해야 한다. 이에 해당하면 추가 과세가 적용되기 때문이다. 토지를 어떤 식으로 사용하는지에 따라 발생하는 세무관리법을 알아보자.

1) 토지를 영업활동에 사용한 경우

이 경우에는 일반법인세만 부과한다. 예를 들어 토지를 물류창고로 사용하거나 토지가 영업용 건물의 부수토지라면 이는 중과세를 적용할 이유가 없다.

2) 토지를 투자목적으로 보유하고 있는 경우

기업이 투자목적으로 토지를 가지고 있다면 이는 비사업용 토지에 해당될 가능성이 크다. 이러면 일반법인세 외에 추가 법인세 제도를 적용한다.

구분	양도 시기
구분	2009.3.16.~2012.12.31. 취득	좌 외의 취득
중과세 내용	추가 과세 없음.	10% 추가 과세
비고	2009.3.16.~2012.12.31. 기간 내에 취득한 토지는 2013년 이후에 양도하는 경우 추가 과세제도를 적용하지 않음.

3) 토지를 전문적으로 매매한 경우

법인이 토지를 전문적으로 매매하면 추가 과세제도가 적용될 가능성이 크다.

※ 개인 대 매매사업자, 법인의 토지세제 비교

구분	개인	매매사업자	매매법인
세목	양도세	종합소득세	법인세
원칙적인 세율	보유기간에 따른 세율(50%, 40%, 기본세율)	기본세율	기본세율
투기 방지 조치	단, 2009.3.16.~2012.12.31. 사이에 취득한 비사업용 토지(주택 포함)를 양도하는 경우에는 양도세 중과세 세율 적용배제^* 및 비교과세와 10% 추가 과세제도의 적용을 배제함(특례제도). * 단, 장특공제는 적용되지 않는다는 것이 세법의 태도이다. 별도로 확인하기 바란다.

2. 적용 사례

(주)왕성은 주택법 제4조에 따른 건설사업자에 해당한다. (주)왕성은 2026년 7월 30일에 서울에서 단독주택을 취득해 이를 멸실하고 향후 주택을 신축 판매하고자 한다. 다음 자료를 보고 물음에 답하면?

<자료>ㆍ 계약일 : 2026년 5월 1일ㆍ 취득가액 : 20억 원ㆍ 8월 중 인허가 후 멸실시킬 예정임.

Q1. (주)왕성은 주택법에 따른 등록사업자다. 이 경우 취득세 중과세가 적용될까?

아니다. 주택건설사업은 장려의 대상으로 취득세 중과세를 적용할 이유가 없다. 주택 취득 후 3년 이내에 멸실시키면 취득세 일반과세를 적용받을 수 있다(지방세법 시행령 제28조의2 제호)

Q2. (주)왕성이 주택 멸실 후 나대지 상태로 양도하면 취득세 중과세로 추징될까?

등록한 건설사업자가 주택 취득 후 3년 이내에 이를 멸실시켰으므로 주택 취득세 중과세는 적용되지 않아 보인다.

Q3. (주)왕성이 주택멸실 후 나대지 상태로 양도하면 추가 법인세를 내야 할까?

건축물이 있는 토지를 취득해 멸실한 경우에는 아래 규정에 따라 최종 비사업용 토지 여부가 결정된다.

법인세법 시행규칙 제46조의 2 [ 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정 기준 등 (2005.12.31 신설) ]

① 영 제92조의11 제1항 제3호에 따라 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각호에서 규정한 기간동안 법 제55조의2 제2항 각호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지를 판정한다.

9. 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 토지 : 당해 건축물이 멸실ㆍ철거되거나 무너진 날부터 2년 (2005.12.31 신설)

위 제9호에서는 당해 건축물이 멸실된 날로부터 2년간은 사업용으로 사용하는 기간으로 인정을 하고 있다. 따라서 물음의 토지는 사업용으로 사용한 기간이 60% 기간을 충족하므로 현재 상태에서 양도하더라도 비사업용 토지에 해당하지 않는다.

Tip 주택건설사업자 등 주택 취득세 중과세 적용배제 사후관리 기간

취득자	멸실기한	신축기한	판매기한
공공지원민간임대주택 개발사업 시행자	취득일부터 2년	취득일부터 6년	별도 규정 없음
주택신축판매업 사업자등록자	취득일부터 1년	취득일부터 3년	취득일부터 5년
그 밖의 사업시행자ㆍ 주택조합ㆍ등록 주택건설사업자 등	취득일부터 3년	취득일부터 7년	별도 규정 없음

특히 일반적인 주택신축판매업자는 다음 요건을 모두 충족해야 한다.

ㆍ주거용 건물 개발ㆍ공급업 또는 자영건설 방식의 주거용 건물 건설업을 영위할 목적으로 사업자등록을 할 것

ㆍ주택건설사업을 위해 기존 주택을 취득할 것

ㆍ취득일부터 1년 이내 기존 주택을 멸실할 것

ㆍ취득일부터 3년 이내 주택을 신축할 것

ㆍ취득일부터 5년 이내 신축주택을 판매할 것

#재산세 #분리과세 #사업자 #주택건설사업자 #건축물 #주택법 #종합합

→ 목록으로

세무지원

법인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

추천콘텐츠

건설용지와 보유세 과세

건설용지의 장기간 보유와 세무상 쟁점

“선박왕” 체납액 4천억원 15년만에 납부한다

멸실예정인 건물의 매입과 취득세 중과세