[Tax News Flash] 2025년 세제개편안 요약

2025-12-31

2025년 7월 31일 기획재정부는 2025년 세제개편안을 발표하였습니다.

이번 세제개편안은 ”진짜 성장을 위한 공평하고 효율적인 세제”라는 비전에 따라 “경제강국 도약 지원”, “민생 안정을 위한 포용적 세제”, “세입기반 확충 및 조세제도 합리화”에

중점을 두고 마련되었습니다. 이번 개편안에 따른 세수효과는 법인세 세율 환원, 증권거래세율 환원, 교육세 과세체계 개편 등의 증가요인과 국가전략기술 확대,

신용카드등 소득공제 한도 확대, 초등 저학년 예체능 학원비 세액공제 확대 등의 감소요인에 따라 약 8조 1,672억원으로 추정되며,

이번 개편안은 입법예고ᆞ국무회의 등의 절차를 거쳐 9월 3일 이전에 정기국회에 제출될 예정입니다. 이번 세제개편안의 주요 내용은 다음과 같습니다.

(출처: 삼일회계법인)

1. 경제강국 도약 지원

구 분	세제개편안 주요 내용
미래 전략산업 지원 강화	• 국가전략기술 세부기술 및 사업화시설 신설 (인공지능 분야 추가 및 미래형 운송이동 신설 및 확대) • AI 전문가 등 해외 우수인력의 국내 복귀시 10년간 소득세 50% 감면 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 웹툰콘텐츠 제작비용에 대한 소득세ᆞ법인세 세액공제 신설 (대ᆞ중견기업 10% / 중소기업 15%) • 대기업의 영상콘텐츠 세액공제 기본공제율 상향(5% → 10%) 및 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 문화산업전문회사 출자 세액공제 적용대상에 대기업 추가 및 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 우수 선ᆞ화주기업 공제요건 개편(운송비 → 물동량)ᆞ원양노선 추가공제 신설 및 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 방위산업에 대한 신성장ᆞ원천기술 세부기술 및 사업화시설 신설 (글로벌 공급망 진입ᆞ안정화 기술 등) • 통합고용세액공제 후 고용 유지시 더 높은 공제액 적용 및 일부 고용 감소시 고용 유지분 공제 유지 허용 • 중견ᆞ대기업 최소 고용증가 인원 수(중견기업 5명 / 대기업 10명) 초과 분에 한하여 통합고용세액공제 적용 • 통합고용세액공제 우대공제 적용 청년 기준 합리화 (해당 과세연도 19~34세 → 근로계약 체결 당시 19~34세) • 유턴기업 세액감면 적용대상에 해외사업장 축소완료 이전에 국내로 부분 복귀하는 기업 포함 등 • 내국법인이 외국자회사 주식을 외국법인에 현물출자시 양도차익 과세이연 특례 신설
자본시장 활성화 및 벤처투자 지원	• 고배당 상장법인으로부터 받는 현금 배당액에 대한 분리과세 도입 (14% ~35%의 3단계 누진세율 적용) • 투자ᆞ상생협력 촉진세제 환류대상에 배당 추가ᆞ환류할 기업소득 비율 상향 및 적용기한 3년 연장 (~’28년 말) • 국제결제은행(BIS)의 국내 직ᆞ간접 투자소득(이자ㆍ배당ㆍ유가증권 양도소득)에 대한 비과세 신설 • 대학의 수익용 기본재산 대체취득시 과세이연 대상에 유가증권(국내 상장법인 주식, 국ᆞ공채) 추가 • 민간 벤처모펀드를 통한 벤처기업 출자시 증가분 공제율 상향(3% → 5%) 및 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 벤처투자조합ᆞ코스닥벤처펀드ᆞ벤처기업 등에 대한 출자ᆞ투자 소득공제 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 벤처투자조합의 SPC를 통한 벤처기업 간접 출자시 비과세ᆞ세액공제 등 세제지원 신설(~’28년 말)
지역성장 지원	• 10만원 초과 20만원 이하 고향사랑기부금에 대한 세액공제율 상향 (15% → 40%) • 산업위기 선제대응지역 사업재편기업의 자산매각 양도차익에 대한 분할 익금산입 과세이연 기간 확대 • 낙후지역 지방이전 기업의 감면기간 확대 및 지방 투자ᆞ고용과 연계된 감면한도 신설 등 • 프로젝트 리츠에 대한 토지ᆞ건물 현물출자시 양도세 납부이연 또는 법인세 과세이연 과세특례 신설 • 아시아문화중심도시ᆞ금융중심지 등 지방경제산업 특구 세제지원 적용기한 3년 연장(~’28년 말)

2. 민생안정을 위한 포용적 세제

구 분	세제개편안 주요 내용
서민ᆞ중산층 다자녀가구 세제지원 확대	• 신용카드등 소득공제 한도 자녀당 50만원ᆞ최대 100만원 상향(총급여 7천만원 초과자 자녀당 25만원ᆞ최대 50만원) • 월 20만원인 6세 이하 자녀에 대한 보육수당 비과세 한도 확대 (월 20만원 → 자녀 1인당 월 20만원) • 과세기간 종료일 현재 만 9세 미만 또는 2학년 이하 초등학생 자녀 예체능 학원비의 교육비 세액공제 적용 • 대학생 자녀 교육비 특별세액공제 소득요건 폐지 • 무주택 주말부부에 대해 각각 월세 세액공제 허용(부부 합산 연간 월세액 1,000만원 한도) • 사적연금을 연금 형태로 종신 수령시 원천징수세율 인하 (4% → 3%) • 퇴직소득 연금계좌 납입 후 장기 연금 수령시 감면율 확대 (20년 초과시 50% 감면 구간 신설) • 농업인이 영농조합법인ᆞ농업회사법인에 농지 출자시 양도소득세 세액감면에서 이월과세 방식으로 전환 • 농협 등 조합원과 저소득 준조합원 등의 예탁금등 이자ᆞ배당소득 비과세 적용기한 3년 연장(~’28년 말) 등 • 농어가 목돈마련저축의 이자소득ᆞ저축장려금에 대한 소득세 등 비과세 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 농ᆞ임ᆞ어업용 기자재 부가가치세 영세율 및 면세 적용기한 3년 연장(~’28년 말) 및 추징사유 합리화 등
소상공인 등 세제지원 확대 및 상생협력 지원	• 기업업무추진비 추가 손금산입 한도 확대 (전통시장 지출분 10% → 전통시장ᆞ지역사랑상품권 지출분 20%) 등 • 퇴직소득으로 과세하는 노란우산공제 중도해지 사유 중 경영악화에 해당하는 요건 완화 • 생계형 창업중소기업 세액감면 적용대상 연간 수입금액 기준 상향(8천만원 → 1억4백만원) • 재활용폐자원ᆞ중고자동차 매입세액공제 특례 적용기한 3년 연장(~’28년 말) 및 공제한도 신설 등 • 사회적기업의 일반기부금 손금산입 한도 확대(소득금액의 20% → 30%) • 상가임대료를 인하한 임대사업자에 대한 세액공제 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 중소기업이 취득한 스마트공장 관련 설비투자자산에 대한 가속상각 특례 도입(~’28년 말) • 대ᆞ중소기업 상생협력을 위한 기금 출연 등에 대한 세액공제 적용기한 3년 연장(~’28년 말)
납세자 권익보호 및 편의 제고	• 양도소득세 이월과세 적용 배제 범위에 증여자인 직계존비속이 사망한 경우 추가 • 주택건설사업자가 종부세 합산배제 후 정당한 사유로 5년 이내 사업계획 미승인시 종부세 추징 제외 • 조사받은 관세조사의 조사통지에 기재된 조사대상을 관세조사 중복조사금지 대상으로 구체화 등 • 관세조사 사전통지 기한 조정(조사 15일 전 → 20일 전(불복청구 등 재조사 결정에 따른 재조사는 7일 전)) 등 • 관세 품목분류 사전심사 결과를 통보받은 후 2개월 이내 수정신고시 관세 신고불성실 가산세 면제 • 납세자가 계산ᆞ납부하는 지정납부기한 이후 납부지연가산세를 일 단위에서 월 단위 계산으로 개편 • 국선대리인 지원대상에 심사ᆞ심판청구 등을 기한 내 미제기한 고충민원 신청 납세자 추가 • 상용근로자 간이지급명세서 월별 제출시기 1년 유예 (’26. 1. 1. 이후 → ’27. 1. 1. 이후)

3. 세입기반 확충 및 조세제도 합리화

구 분	세제개편안 주요 내용
세부담 정상화	• 일반법인ᆞ성실신고확인대상 소규모법인의 법인세율 상향 조정 (각 과세표준 구간별 세율 1% 인상) • 증권거래세율 조정 (코스피 : 0% → 0.05% / 코스닥ᆞK-OTC : 0.15% →0.2% / 코넥스 : 0.1% → 0.1%) • 상장주식 양도소득세 대주주 과세기준 조정 (종목당 보유금액 50억원 이상 → 10억원 이상) • 금융ᆞ보험업자 교육세 과세표준 구간 신설 및 세율 인상 (과세표준 1조원 초과 : 0. 5% → 1.0%) • 교육세 과세표준 제외 항목에 서민금융 대출로부터 발생하는 이자수익 추가 • 자본준비금 감액배당 과세범위 조정 (양도소득세 부과대상 대주주등의 취득가액 초과분 배당소득 과세)
과세체계 합리화	• 조합법인 법인세 과세특례 세율 조정(과표 20억원 초과분 12% → 15%) 및 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 국외전출세 과세대상에 국외주식 포함 및 국외전출자 요건 적용시 국외주식등은 대주주 요건 미적용 • 외국납부세액공제 적용대상 소득에 연금계좌 가입자의 연금계좌 간접투자 소득 추가 등 • 글로벌최저한세 관련 내국추가세(DMTT : Domestic Minimum Top-up Tax) 도입 • 신탁재산에 대한 종부세 물적납세의무 적용범위에 신탁재산 관리ᆞ처분ᆞ운용 등으로 얻은 소득 추가 • 정상가격 조정 경정청구시 상대국 수정신고 등 이중과세 발생 입증서류를 제출자료에 추가 • 중소ᆞ중견기업 일반ᆞ신성장원천기술 시설투자 추가공제율 적용 임시투자세액공제 적용기한 종료 • 외국인 관광객 미용성형 의료용역 부가가치세 환급 특례 적용기한 종료 • 청년형 장기집합투자증권저축에 대한 소득공제 적용기한 종료
조세탈루 방지 및 징수 효율화	• 영리법인에 유증시 상속세 납부의무자에 상속인의 배우자 및 그 직계비속의 배우자 추가 • 외국법인의 연락사무소 현황명세서 미제출 또는 거짓 제출시 과태료 부과 신설 • 납부지연가산세에 납세자 체납으로 발송한 독촉장 송달비용 포함 (체납액 150만원 미만 제외)

4. 기타

구 분	세제개편안 주요 내용
소득세 법인세	• 배당소득 이중과세 조정을 위한 배당가산율 조정 (배당가산액 = 배당소득 × 10% → 11%) • 사업소득 연말정산 추가납부세액 분납 신설 • 금융투자업자의 분기별 파생상품ᆞ주식 거래내역 제출자료에 국외주식 거래내역 추가 • 거주자의 보유자산 취득가액에 대한 법인세법상 취득가액 조정 규정 준용 명확화 • 기 지급된 퇴직소득 중 이연퇴직소득이 있는 자의 퇴직소득 세액정산 방법 보완 • 삼각합병시 합병대가의 범위 명확화 (합병으로 취득하는 주식에 완전모회사인 외국법인 주식 포함) • 연결납세 제도 보완 (연결납세 취소 및 배제시 사후관리ᆞ합병시 이월결손금 등 공제범위 등 정비) • 조건부ㆍ기한부 판매시 조건 성취ᆞ기한이 지나 판매가 확정되는 날로 손익귀속시기 합리화 • 가상자산 평가방법 변경 (선입선출법 → 총평균법) • 중소기업 특별세액감면ᆞ상생결제 세액공제ᆞ근로소득 증대세제 등 적용기한 3년 연장(~’28년 말) • 소재‧부품‧장비 전문기업 등 출자‧인수 세액공제 적용기한 정비 (출자 : 종료 / 인수 : 3년 연장) • 위기지역 창업기업 등 세액감면의 투자ᆞ고용 감면요건 신설 및 중소기업 감면한도 적용
양도소득세 상속ᆞ증여세 종합부동산세	• 특수관계법인 외의 자에게 고가 양도시 실지거래가액 산정방법 보완(양도가액 – 상여ᆞ배당 소득처분액) • 배우자 등 증여추정ᆞ고저가 양수도 증여세 제외대상에 다자간매매체결회사 개설 증권시장 주식거래 추가 • 특정법인의 이익에 대한 증여의제 증여자 적용범위에 특정법인 지배주주 본인 포함 명확화 • 공익법인 사후관리 대상 출연재산의 범위 확대 • 신탁재산에 대한 종부세 납세의무자가 되는 조합에 도시정비법에 따른 재개발조합 등 추가 • 종부세 추징대상에 주택건설사업 목적의 멸실예정주택으로서 3년내 멸실되지 못한 주택 추가
국제조세	• 거주자증명서 발급대상에 수익적 소유자가 거주자 또는 내국법인으로만 구성된 투자신탁 등 추가 • 글로벌최저한세 계산 시 대상조세 배분방식 보완 (대상조세 배분 범위 및 대상조세 확대) • 간접투자 외국납부세액공제 적용 방식 개선 (개인투자자 공제방식 변경ᆞ법인투자자 공제방식 합리화) • 비거주자 제한세율 특례 신청서 제출 의무 신설 • 외국법인 국내원천 기타소득 중 증여의 범위 및 외국법인의 국내원천 배당소득 범위 명확화 등

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