공사 중 세무상의 이슈

2026-11-06

이번 호에는 건설용지를 보유 또는 양도하면서 발생하는 다양한 세무상 쟁점과 건축주 관점에서 신축공사를 할 때 알아야 할 기초적인 세무를 다루고자 합니다. 먼저 건설용지를 보유할 때에는 종부세 등 보유세가 나오게 되는데, 이를 이해하기 위해서는 재산세 과세방식을 정확히 이해할 필요가 있습니다. 또한 보유 토지의 양도 시 비사업용 토지 여부 판단도 매우 중요합니다.

한편 신축공사 시에는 주로 부가세 처리가 쟁점이 될 수 있습니다. 이러한 점에 유의해 이하의 내용을 살펴보시기 바랍니다.

<주요 주제>

<건설용지의 보유 및 양도 관련 세무상 쟁점>

1. 건설용지의 장기간 보유와 세무상 쟁점

2. 건설용지와 보유세 과세

3. 개인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

4. 법인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

5. 개인과 법인의 비사업용 토지 판단법 비교

<신축공사 중 건축주의 세무처리법>

6. 공사 중 세무상의 이슈

7. 국민주택의 공급과 이의 건설용역 제공에 따른 부가세 실무

8. 국민주택 건설공사와 수익성 분석

토지매입 후에는 본격적으로 공사가 진행되는데 이때에는 부가세와 관련된 이슈들이 주로 발생한다. 시공사로부터 세금계산서를 받아야 하는지 계산서를 받아야 하는지, 주상복합건물을 신축하거나 각종 부대시설을 신축할 때 매입세액은 어떤 식으로 환급받아야 하는지 등이 주요 관심 대상이 된다. 이하에서는 이러한 점에 착안해 관련 내용을 살펴보자.

1. 공사 중의 세무상 쟁점

1) 부가세 발생

① 건설용역

시공사는 시행사에 건설용역을 제공하는데 이때 국민주택에 대한 건설용역은 면세, 그 외 용역은 부가세가 과세된다. 따라서 전자는 계산서, 후자는 세금계산서를 교부해야 한다.

구분	내용	비고
시공사가 계산서를 교부하는 경우	85㎡ 등 이하 주택건설용역의 공급	-
시공사가 세금계산서를 교부하는 경우	위 외 건설용역의 공급(85㎡ 등 초과 주택, 건물, 오피스텔 등)	환급 가능

☞ 건설용역의 범위에 대해서는 바로 뒤에서 살펴본다.

② 건설용역 외(자재 등)

건설용역 외에 자재(철근이나 레미콘, 엘리베이터 등)를 납품하는 회사는 시행사에 무조건 세금계산서를 교부해야 한다.

2) 부가세 환급업무

시행사가 부담한 매입세액 중 과세사업에 관련된 것만 부가세 환급(공제)이 가능하다.

구분	내용	부가세 환급 여부
과세사업	85㎡ 초과 주택, 일반건물의 공급 관련	가능
면세사업	국민주택 공급 관련	불가능

☞ 참고로 과세사업과 면세사업을 동시에 운영하는 경우에는 아래와 같이 부가세 환급을 받는다.

ㆍ 귀속이 확실한 경우 : 과세사업분만 환급

ㆍ 귀속이 불분명한 경우 : 공통매입세액으로 보아 안분계산 후 과세사업분만 환급(이에 대해서는 뒤에서 살펴본다)

2. 원가집계

공사 중에 지출되는 각종 공사비와 세금, 일반관리비 등은 향후 완성주택 등의 원가와 이익측정 등을 위해 회계기준과 세법 기준에 맞게 업무처리를 해야 한다.

1) 원가와 비용의 구분

원가는 재무상태표상의 자산으로 처리되고, 비용은 손익계산서상의 당기손익에 반영된다. 따라서 실무적으로 이의 구분은 상당히 중요하다.

ㆍ 공사원가와 공사 관련 간접비용은 원가 처리된다.

ㆍ 본사에서 지출되는 비용은 일반관리비로 처리된다.

2) 원가의 집계

원가는 아래와 같은 기준에 따라 집계한다.

ㆍ 원가는 토지와 건물로 구분하여 집계한다.

ㆍ 직접원가는 물론이고 간접원가(현장 비용)도 포함한다.

ㆍ 원가는 현장별로 집계해야 한다.

3) 원가의 대체

건축원가는 건설 중에는 건설가계정에서 모이며 이후 건축물이 완성되면 완성주택으로 원가 대체된다. 이후 완성주택이 판매되면 매출원가로 대체된다(실무에 해당한다).

Tip. 신축ㆍ리모델링 판매업의 사업절차와 세무처리

신축ㆍ리모델링 판매업의 사업절차별로 시행사와 시공사의 세무처리 내용을 정리하면 다음과 같다.

☞ 위 내용을 보면 시공사의 세무처리는 단순하지만 시행사의 세무처리는 사업 스케줄에 따라 다양한 쟁점들이 발생함을 알 수 있다. 참고로 이 책은 시행사(건축주, 사업 주체)에 대한 세제를 다루고 있다.

구분	사업절차		세무처리
구분	사업절차		시행사	시공사
사업 준비단계 (1단계)	사업계획수립	ㆍ건설용지 분석 ㆍ사업 타당성 검토(토지대 대비 분양가 등)		-
	▼
	건설용지 매입	건설용지 매입	ㆍ 금융비용 자본화 ㆍ 토지취득 관련 부가세 검토 ㆍ 취득세 중과세 검토	-
공사 단계 (2단계)	사업성 분석 (수지분석)	사업성 분석 사업계획서 작성 등	수지 분석표 상의 공사예정원가로 진행기준율 산정	-
	▼
	건축인허가	건축인허가 허가용 도면 작성 영향평가 (건축, 교통, 소방 등)		-
	▼
	사업승인 및 착공(신고)	사업계획승인 착공계 제출 착공 및 착공신고	ㆍ 공사비에 대한 부가세 환급 검토(겸업의 경우 안분계산) ㆍ 기부채납 관련 세무처리 ㆍ 착공 : 업무무관자산 기산시점 등	ㆍ 공사계약 : 세금계산서 등 발행 ㆍ 부가세 신고 ㆍ 진행기준 또는 완성기준에 의해 결산 ㆍ 법인세 신고

분양 단계 (3단계)	분양(승인)개시		ㆍ 진행기준 또는 완성기준에 의한 수익 인식 ㆍ 계약 전 공사원가의 처리(모델하우스 비용포함) ㆍ 부가세의 처리	-
	▼
	사용검사(준공)	건축물 준공 전 사용검사 신청 입주자 사전체크 등		-
	▼
	분양건물 보존등기		ㆍ 보존등기(6월 1일 전에 사용승인이 날 때는 건물 재산세를 부담해야 함) ㆍ 미분양 관련 세금 문제 등
사업완료 단계 (4단계)	분양 등기 (입주자)		ㆍ 분양가 할인, 이주비 지원 등에 따른 세무리스크 검토 ㆍ 분양권 전매 관련 세무리스크 파악

#부가세 #시공사#시행사 #세금계산서 #진행기준 #국민주택 #매입세액 #완성주택

→ 목록으로

세무지원

공사 중 세무상의 이슈

추천콘텐츠

고용ㆍ투자 늘린 중소기업, 정기 세무조사 선정 제외

법인의 건설용지 양도와 세무상 쟁점

건설용지와 보유세 과세

건설용지의 장기간 보유와 세무상 쟁점