휴업ㆍ폐업 절차

2026-01-21

이문희 세무사

제3장 폐업 절차

| 1. 개요

① 폐업 절차
사업자가 사업부진, 법인전환, 사업양도 등의 사유로 휴업하거나 폐업을 하는 경우 절차는 다음과 같다.

개인사업자

관할 세무서에 관련 서류를 첨부하여 폐업신고서를 제출하면 된다.

* 종전에 관할 관청의 폐업신고확인서를첨부하여 제출하는 것은 폐지되었다.

법인사업자

법인사업자는 설립 시 설립등기를 하였던 것처럼, 폐업을 할 경우 본래 해산 및 청산의 절차를 거쳐 폐업하는 것이 원칙이나, 대체로 해산 및 청산절차가 설립등기비용보다 많이 소요되고 휴면회사의 해산제도(최후 등기 후 8년 경과 시 청산간주)가 있어 사업자등록만 폐업을 하고, 해산 및 청산의 절차를 거치지 않는 경우가 많다. 따라서 대부분 개인사업자와 마찬가치로 관할 세무서에 관련 서류를 첨부하여 폐업신고서를 제출하는 것으로 폐업 절차를 마치고 있다.

② 휴업ㆍ폐업 신고서류
휴업 또는 폐업하는 경우에는, 다음의 자료를 관할 세무서에 제출하여야 한다.

• 휴업(폐업)신고서: 휴업 또는 폐업연월일 및 사유와 기타 참고사항 기재

* 폐업일은 그 사업을 실질적으로 폐업하는 날로 하며 폐업한 때가 분명하지 아니한 경우에는 휴업(폐업)신고서 접수일을 폐업일로 본다.

• 사업자등록증

• 부가가치세 신고서, 사업양도양수의 경우 사업양도신고서 및 사업양도양수계약서

* 본래 휴업ㆍ폐업신고서를 제출한 이후에 부가가치세 신고서 등을 제출하여야 하나, 실무상은 부가가치세 신고 시 휴업ㆍ폐업신고를 하기도 한다.

| 2. 폐업 시 세금신고

ㅇ 부가가치세 확정신고
① 폐업일이 속하는 달의 말일부터 25일 이내에 부가가치세 확정신고를 하여야 한다.
* 폐업 시 과세기간: 폐업일이 속하는 과세기간의 개시일~폐업일

② 폐업 시 잔존재화(매입세액이 공제되지 아니한 재화는 제외)는 재화의 공급으로 의제되므로 부가가치세를 계산하여 신고ㆍ납부하여야 한다.

재고자산	재고자산은 회사가 매입한 금액과 매출한 금액을 비교하고 현재 실지 재고물량을 파악하여 시가를 과세표준으로 하여 신고하여야 한다.
사업용 고정자산	사업용고정자산은 다음과 같이 간주시가를 계산하여야 한다. • 건물(구축물)=당해 재화 취득가액×(1-5/100×경과된 과세기간의 수) • 기타감가상각자산=당해 재화 취득가액×(1-25/100×경과된 과세기간의 수)

③ 폐업할 당시 잔존재화가 있는 경우에는 다음과 같은 처리방법이 있다.

세금계산서 발급	폐업일 이전에 타인에게 공급하고 세금계산서를 발행하는 방법(판매)
간주시가 계산	타인에게 공급하지 않고 폐업 시 간주시가를 계산하여 부가가치세 신고하는 방법 이 경우 세금계산서 발급의무는 없다.
사업양수도	포괄양도양수하는 방법. 이 경우 과세대상이 아니므로 세금계산서 발급의무는 없으며, 사업양도신고서와 사업양도양수계약서를 제출하면 된다.

④ 사업자가 폐업을 하면 사업자등록이 말소되므로 세금계산서를 교부할 수 없는데, 폐업자가 세금계산서를 잘못 발급한 경우 거래상대방은 본래 매입세액공제를 받을 수 없다.

* 다만, 실제 거래사실이 확인되고 공급받은 자가 폐업 사실을 알지 못한 부분에 대해 과실이 없는 경우에는 매입세액으로 공제받을 수 있다.

[Tip] 폐업에 따른 건물매각 시 부가가치세 과세 주의

흔히 부동산을 소유하는 사업자가 폐업하면서 건물을 매각 시 부가가치세 과세대상이라는 점을 간과하는 경우가 많다. 매매대금 중 건물분에 대하여는 부가가치세가 과세되므로 계약서 작성 시 부가가치세를 별도로 기재하고 세금계산서를 발행하거나 혹은 포괄양도양수도 방법을 검토하여야 한다(법인전환 참조).

아울러 부동산 매각에 따른 양도소득세를 신고할 경우 양도차익 계산 시 사업소득세 신고할 때 계상한 감가상각비는 취득가액에서 차감하여야 하므로 주의하여야 한다.

② 개별소비세 신고

폐업일이 속하는 달의 말일부터 25일 이내에 개별소비세를 신고하여야 한다.

① 폐업 당시 잔존 재고자산의 시가 상당액은 당해 사업을 양도한 날이 속하는 연도의 총수입금액 또는 익금에 산입하여야 한다.

* 무단폐업한 경우에는 전년도 신고서의 재무상태표상에 기말재고자산이 확인되는 경우 기말재고자산가액에 부가가치율 혹은 매매총이익률을 적용하여 추계결정한 매출액을 폐업일이 속하는 과세기간의 과세표준에 가산하여 경정 고지할 수 있으므로 주의하여야 한다.

② 조세감면 사후관리 대상인 감면세액을 받은 경우에는 추징사유에 해당되는지를 확인하여야 한다(예) 연구ㆍ인력개발준비금을 손금산입한 경우 폐업 시 익금산입, 연구개발관련 출연금을 받은 경우 폐업 시 익금산입, 각종 투자세액공제를 적용받은 자가 투자완료일부터 2년 또는 5년이 지나기 전에 해당 자산을 처분 시 세액공제액에 이자상당액을 가산하여 추징).

③ 중소기업에 해당하는 경우에는 그 폐업일이 속하는 사업연도에 발생한 결손금에 대해 결손금 소급공제에 의한 환급의 규정을 적용받을 수 있다.

④ 신고기한

종합 소득세

1.1.부터 12.31.까지의 소득에 대하여 폐업일이 속하는 연도의 다음연도 5월 말까지 종합소득세 신고ㆍ납부하여야 한다.

법인세

폐업일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고ㆍ납부하여야 한다.

* 본래 법인사업자가 폐업 시는 해산(청산)등기를 하여야 하며 각 사업연도 소득에 대한 법인세와 청산소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부하여야 하나, 해산(청산)등기를 하지 않은 경우 실무적으로는 폐업일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 신고ㆍ납부하고 있다.

⑤ 폐업한 이후에 사업을 다시 하는 경우 폐업신고 전에 공제받지 못한 이월결손금으로서 공제기간이 경과되지 아니한 것은 재개업일이 속하는 사업연도 이후의 소득금액에서 공제할 수 있다.

⑥ 휴업ㆍ폐업ㆍ해산 시 지급명세서 제출기한

• 일용 근로소득지급명세서: 휴업ㆍ폐업ㆍ해산일이 속하는 분기 마지막 달의 다음 달 말일

• 상용 근로소득간이지급명세서: 휴업ㆍ폐업ㆍ해산일이 속하는 반기 마지막 달의 다음 달 말일

③ 종합소득세 및 법인세 신고

[Tip] 법인기업 폐업 시 의제배당 주의

법인기업이 폐업을 하는 경우 해당 기업에 이익잉여금이 누적되어 있으면 주주에게 의제배당에 대한 배당소득세가 과세될 수 있으므로 확인해야 한다.

* 의제배당금액 [자본금 감소, 해산, 합병, 분할 등으로 인해 주주가 받는 재산가액]-[주주가 해당 주식을 취득한 금액]

④ 4대보험 사업장 탈퇴신고
사업자가 폐업하는 경우 4대보험과 관련하여 사업장 탈퇴신고를 하여야 한다.

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