구 법인세법에서는 비영리내국법인의 유형자산 및 무형자산(이하 ‘고정자산’)의 처분수입은 수익사업 소득으로 보아 법인세를 과세하되(법법 §4 ③ 5호), 고정자산 ‘처분일 현재 3년 이상’ 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분수입은 법인세 과세대상에서 제외하도록 규정하고 있는 바(구 법령 §3 ②, 2025. 2. 28. 개정 전, 이하 ‘쟁점규정’), 이번 판결의 쟁점은 비영리내국법인이 토지의 취득일부터 처분일까지의 보유기간 중 고유목적사업에 직접 사용한 기간은 3년 이상이나 수용에 의한 부득이한 사유로 인해 처분일을 기준으로 3년 이상 고유목적사업에 사용하지 못한 토지에 대해 쟁점규정을 적용하여 해당 토지 처분수입을 법인세 과세대상에서 제외할 수 있는지 여부임.

 

이에 대해 이번 대법원 판결의 원심은 쟁점규정에서 ‘처분일 현재 3년 이상’ 고유목적사업에 계속하여 사용한 경우란 ‘처분일 직전부터 소급하여 3년 이상’ 고유목적사업에 계속하여 사용한 경우로 문언 해석하는 것이 타당하므로, 토지를 보유한 기간 중 3년 이상 고유목적사업에 사용했더라도 처분일부터 소급하여 3년 이상 계속하여 사용하지 않았다면, 해당 토지의 처분수입은 법인세 과세대상에 해당하는 것으로 판시하였고(대전고법(청주)2024누50583, 2025. 10. 29.), 대법원도 이러한 원심 판결이 타당한 것으로 보아 심리불속행 기각 판결함(대법2025두35684, 2026. 3. 12. 심리불속행 기각)

 

이번 판결은 비영리내국법인이 고정자산의 보유기간 중 고유목적사업을 위해 직접 사용한 기간 이 3년 이상이고 처분일을 기준으로 소급하여 3년 이상 고유목적사업을 위해 사용하지 못한 부득이한 사유가 있는 고정자산일지라도, 쟁점규정의 문언에 따라 법인세를 과세함이 타당함을 시사하고 있으며, 다만 쟁점규정은 비영리내국법인이 장기간 고유목적사업을 위해 사용했음에도 불구하고 수용 또는 처분의 어려움 등으로 인해 고유목적사업에 사용하지 못한 부득이한 사유가 있는 고정자산까지도 법인세가 과세되는 불합리가 발생할 수 있음을 고려하여, 지난해 초 쟁점 규정을 개정하여 고정자산 처분일로부터 소급하여 고유목적사업을 위해 3년 이상 사용하지 못했더라도, 고유목적사업을 위해 10년 이상 사용한 고정자산에 대해서는 2025년 2월 28일 이후 고정자산을 처분하는 경우부터 그 보유기간 중 고유목적사업에 사용한 기간에 비례하는 처분수입을 과세대상에서 제외하도록 비영리내국법인의 고정자산 처분수입에 대한 과세범위를 합리화하였음을 참고할 필요가 있음(법령 §3 ② 2호, 2025. 2. 28. 개정 및 부칙 §2).

현행 조특법의 가업승계에 대한 증여세 과세특례 규정(조특법 §30의 6)에서는 ‘타인에게 임대하고 있는 부동산’을 가업승계 증여세 과세특례가 배제되는 사업무관자산으로 규정하고 있는 바(조특령 §27의 6 ⑩ 및 상증령 §15 ⑤ 2호 나목, 이하 ‘쟁점 규정’), 이번 결정례의 쟁점은 제조업을 영위하는 법인이 보유한 토지(이하 ‘쟁점 토지’)를 특수관계법인인 수탁가공업체의 공장용 건물 부지로 무상 임대한 경우, 쟁점 토지를 사업무관자산인 ‘타인에게 임대하고 있는 부동산’으로 보아 가업승계 증여세 과세특례가 배제되는지 여부임.

 

이에 대해 이번 결정례는 청구법인과 수탁가공업체가 비록 특수관계법인에 해당하더라도 별도의 법인이므로 수탁가공업체에 쟁점 토지를 임대하였다면 쟁점 토지는 사업무관자산인 ‘타인에게 임대하고 있는 부동산’에 해당하는 점, 쟁점 토지상에 건축된 공장용 건물 또한 청구법인이 형식적으로 임차하고 있을 뿐 수탁가공업체가 청구법인에게 용역을 제공하기 위해 실제 건물을 사용하였으므로 청구법인이 직접 사용하지 않은 건물에 부속된 쟁점 토지를 청구법인의 사업관련 자산에 해당하는 것으로 보기 어려운 점 등을 이유로 쟁점 토지를 청구법인의 사업무관자산으로 보아 가업승계 증여세 과세특례 적용을 배제하도록 결정함.

 

이번 결정례는 제조업을 영위하는 가업법인이 제품의 임가공 목적으로 수탁가공업체에게 토지를 무상으로 사용하도록 제공했더라도 가업법인의 해당 토지를 직접 사용하고 있는 사업관련자산이 아니라 ‘임대하고 있는 부동산’에 해당하는 사업무관자산으로 보아 가업승계 증여세 과세특례를 적용할 수 없음을 시사하므로, 가업법인이 별도의 임대료를 지급받지 않고 무상 임대하는 토지에 해당하거나 또는 가업법인의 제품을 생산하는 수탁가공업체에게 임대하는 토지에 해당한다는 이유로 해당 토지를 사업무관자산이 아닌 사업관련자산으로 보아 조특법상 가업승계 증여세 과세특례(조특법 §30의 6)나 또는 상증법상 가업상속공제(상증법 §18의 2)를 적용하지 않도록 주의해야 할 것으로 판단됨.

현행 조특법의 창업중소기업 세액감면 규정에서는 자영예술가, 오락장 운영업, 수상오락 서비스업, 사행시설 관리 및 운영업, 그 외 기타 오락관련 서비스업을 제외한 예술, 스포츠 및 여가관련 서비스업을 감면대상 업종으로 규정하고 있는 바(조특법 §6 ③ 13호), 이번 유권해석의 쟁점은 예술, 스포츠 및 여가관련 서비스업 중 한국표준산업분류상 기타 공연단체업을 영위하는 부가가치세법상 면세사업자가 창업중소기업 세액감면을 적용할 수 있는지 여부임.

 

이에 대해 이번 유권해석은 예술, 스포츠 및 여가관련 서비스업에 해당하는 기타 공연단체업은 창업중소기업 세액감면이 적용되는 감면대상 업종에 해당할 수 있으나, 다만 부가가치세법에 따른 인적용역사업자(부가법 §26 ① 15호)는 조특법에 따른 중소기업에 해당하지 않으므로 창업중소 기업 세액감면 규정을 적용할 수 없다는 취지로 회신하고 있으며, 이는 부가가치세법에 따른 인적용역사업자는 물적시설 없이 근로자를 고용하지 않고 독립된 자격으로 용역을 공급하는 사업 자를 말하고(부가령 §42 1호), 이와 같이 물적·인적 조직을 갖추지 못한 경우에는 ‘기업’으로 인정할 수 없으므로(2026년 중소기업 범위 해설, 중기부), ‘기업’ 자체가 될 수 없는 부가가치세법에 따른 인적용역사업자는 창업중소기업 세액감면 규정을 적용할 수 없다는 입장으로 이해됨.

 

이번 유권해석은 물적 조직과 인적 조직이 모두 없는 부가가치세법에 의한 인적용역사업자는 ‘기업’을 전제로 하는 창업중소기업 세액감면 규정의 적용이 배제되어야 함을 의미하므로, 단지 감면대상 업종에 해당하면서 업종별 매출액 요건·독립성 요건과 같은 중소기업 요건을 모두 충족 한다는 이유로 창업중소기업 세액감면 규정을 적용하지 않도록 주의가 필요할 것으로 판단되며, 부가가치세법에 의한 인적용역사업자와 같이 물적시설과 고용이 없는 사업자의 경우에는 창업 중소기업 세액감면 규정뿐만 아니라 ‘기업’을 지원대상으로 하는 각종 세액감면·세액공제 규정의 적용대상에서도 제외되어야 할 것으로 판단됨.